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RSS订阅原创 EMO包学习笔记4——1.1.pipeline.metm.R（差异分析）
数据过滤：保留高丰度物种（总丰度≥500）差异分析：使用edgeR算法进行组间差异丰度分析统计分析：计算fold change、p值、FDR校正值等统计量结果输出：返回差异表达结果#21 EdgerSuper2.metm:EdgeR计算全部分组组合差异微生物，竖表，方便绘图head(res)# 保存EdgeR2数据。
2025-09-18 20:28:30
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原创 EMO包学习笔记3——1.1.pipeline.metm.R
丰度分级：将微生物按相对丰度分为高、中、低三个等级代表性选择：从每个等级中选择指定数量的代表性微生物可视化：创建堆叠柱状图展示这些代表性微生物的组成图形组合：将不同丰度等级的图形拼接在一起这个数据预处理：选择前15个最丰富的分类单元样本聚类：使用Bray-Curtis距离和完全连接法对样本进行层次聚类聚类切割：将样本分为3个主要簇环形可视化：创建环形布局的堆积柱状图外环：显示样本的微生物组成内环：显示聚类结果和样本分组# 指定丰度高中低丰度 范围展示环状物种#--------Top = 20,
2025-09-18 14:47:35
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原创 EMO包学习笔记2
📊 **microbiome 包**：专门为微生物组数据分析设计的包，提供了一系列处理16S rRNA和宏基因组数据的工具。writeData(beta_wb, "adonis_results", dat1) # 将数据写入该工作表。：Group（主要处理），Group2（时间点），Group3（批次）：排序图形状显著相似（R=0.691, p=0.030）：群落结构不相似（R=0.195, p=0.159）：群落结构不相似（R=0.134, p=0.187）
2025-09-17 20:39:32
800
空空如也
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