9、核酸结构预测：LandscapeFold算法详解

核酸结构预测：LandscapeFold算法详解

1. 核酸键参数处理

1.1 RNA/DNA键参数选择

对于RNA/DNA键，当悬空核苷酸属于RNA分子时，LandscapeFold使用RNA/RNA参数；当属于DNA分子时，则使用DNA/DNA参数。在自由能计算中，若要忽略悬空末端，可将输入参数 includeDanglingEnds 设置为 False 。

1.2 齐平同轴堆叠

当两个茎被一个凸起环分隔（即两个相邻核苷酸与两个不相邻核苷酸结合）时，就形成了“齐平同轴堆叠”。传统的最近邻模型在计算自由能时会忽略凸起，将两个茎视为一个连续的结构。而LandscapeFold与标准最近邻模型有所不同：
- 它会考虑任何长度凸起环的齐平同轴堆叠，而非仅长度为1的凸起环，因为这些堆叠可以补偿形成凸起环时较高的构象熵成本。
- 在存在三通连接且每个茎都与下一个茎齐平时，LandscapeFold会考虑两个齐平同轴堆叠，而之前的方法只考虑最具能量优势的堆叠，并将另一个视为悬空末端。

若要忽略齐平同轴堆叠，可将输入参数 includeFlushCoaxialStacks 设置为 False 。用户还可以使用 considerAllAsTerminalMismatches 输入参数来同时忽略悬空末端和齐平同轴堆叠。若将其设置为 True ，所有茎的末端都将被视为末端错配（即使下一个核苷酸分别属于不同的茎且已配对）。

1.3 可