10、核酸结构预测：LandscapeFold的多方面应用与特性

核酸结构预测：LandscapeFold的多方面应用与特性

1. 双分子结构景观处理

在核酸结构预测中，对于双分子结构景观的考虑，采用将两个序列连接起来，并通过“O”组成的接头分隔的方式。这个接头在自由能计算中会被忽略。通常使用6个核苷酸的接头（更精确地说，是用户指定的发夹中最小核苷酸数的两倍）。核苷酸对应接头的索引会存储在 sol.linkerPos 数组中。

当在双分子景观中使用如 frozenBPs 这样的输入时，假设接头存在来对核苷酸进行编号。例如，对于序列对 [GUU, AAC] ，若要指定G必须与C结合，用户应输入 frozenBPs=[[0, 11]] 。

2. 多序列处理的潜在加速

在实际操作中，通过连接的方式处理多个序列可能会导致计算时间的浪费。例如，对于结构 s11 ，会多次重新计算其自由能，因为它要与不同的结构 si2 配对。 sol.twoStrandLandscapeCalculation() 函数可以减少这种浪费。它首先分别处理每个序列，然后只考虑包含分子间碱基对的结构，从而确保每个结构只被枚举一次。不过，目前 LandscapeFold 在这个计算中不考虑同二聚体。

3. 单体和二聚体浓度预测：用户输入与输出

如果输入多个序列， LandscapeFold 还会计算单体和二聚体物种的平衡浓度。每个链的总浓度（单位为M）