rainforestist的博客

V.PhyloMaker，R软件包，用于生成维管束植物的系统发育树。V.PhyloMaker中实现的巨型树（即GBOTB.extended.tre），包括现存维管植物的74 533个物种和所有科，拥有较为完整的维管植物系统发育框架。V.PhyloMaker可以为非常大的物种列表生成系统发育（测试的最大物种列表包括314 686个物种）。

一、标准地图服务系统 （yyds）标准地图服务系统自然资源部标准地图服务（http://bzdt.ch.mnr.gov.cn）的页面上，提供了各省、自治区、直辖市的标准地图服务网站的链接。1 国家地球系统科学数据中心国家地球系统科学数据中心依托中国科学院地理科学与资源研究所共享共建20余年，率先开 展国家科技计划项目数据汇交，形成国内规模最大的地球系统科学综合数据库群2 北京大学地理数据平台北京大学地理数据平台由北京大学城市与环境学院于2017年建立。平台建立的宗旨是为本院和地理专业的学生、

网址： https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/TaxonKit工具，采用命令行模式，可以便于使用loop循环进行流水作业。###想要实现的功能：输入一个科名列表文件，批量查询其taxonomy ID；| 子命令 | 功能 |[list]——列出指定TaxId下所有子单元的的TaxID[lineage] ——根据TaxID获取完整谱系（lineage）[reformat]——将完整谱系转化为“界门纲目科属种株"的自定义格式 |[name2taxid]——将分类单元

ggtree只映射节点到坐标系统中，而线条在geom_tree图层中计算并画出来。这是与其它软件最根本的不同，也是ggtree能够简单地用图层加注释信息的基础。

R计算 PD Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity网址： https://cran.r-project.org/web/packages/picante/index.htmlDescription： Calculate the sum of the total phylogenetic branch length for one or multiple samples.Usage： pd(samp, tree, include.root=TRUE)Argu

一般植物功能特征被划分为3类：一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等；二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等；三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].为研究中包括的每个物种创建一个定性和/或定量性状的矩阵；使用R中的FD包来计算你选择的性状的种间Gower距离。Gower距离矩阵可用于绘制树状图，描述物种间的相似性/不相似性，然后你可以使用R中的FD或BAT或其他软件包，以类似于计算系统发育多样性（PD）的方式，总结连接每个物种库中的物种的分支长度。 参考：https://

1：在线构建RAxML树CIPRES Science Gateway V3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#1. CIPRES网站2. 上传数据，选择RAXML tools2： 本地RAxML法安装Linux版本RAxML$ raxmlHPC ­-f a ­-x 12345 ­-p 12345 ­-# 100 ­-m PROTGAMMALGX ­-s example.phy ­-n...

How to Calculate the Max-intra and Min-inter Distance distribution?step 1.Prepare the distance matrix.Tool：DistanceMatrixIn DECIPHER(R package)library(DECIPHER) DNAStringSet=readDNAStringSet("S:/xxx.txt") a=DistanceMatrix(DNAStringSet, ...