运行qsub 提交python程序 Ambiguous output redirect fault报错

最新推荐文章于 2024-10-25 16:46:57 发布
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分类专栏： Doing Work 文章标签： python RidgeRegression
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版权
本文档记录了在Linux环境下使用Ridge_LOOCV_Permutation过程中遇到的问题及解决办法。主要问题包括：运行脚本时的qsub命令报错，原因是日志输出定向错误；以及PyCharm中导入自定义模块时显示红色下划线，实为配置问题而非代码错误。解决方案包括修正shell脚本的日志输出和检查PyCharm的项目配置。

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文章目录

运行Ridge_LOOCV_Permutation

为了成功运行Ridge_LOOCV_Permutation，发现了很多问题，

  • Ridge_LOOCV_Permutation 官方GitHub：
    Ridge regression manual
    (Cui et al., 2018, Cerebral Cortex; Cui and Gong, 2018, NeuroImage).

报错现象

提交这个脚本导致程序报错

cmd = 'qsub ' + ResultantFolder_I + '/script.sh ' + QueueOptions + ' -N perm_' + str(Times_IDRange_Todo[Submit_Quantity]) + Option
os.system(cmd);

查看报错日志
在这里插入图片描述
找了半天发现是输出日志和报错日志都输入到同一个文件定向不了导致的报错，对这句话进行注释就可以了
在这里插入图片描述

其它报错

在Linux下创建一个可运行shell脚本

在Linux下创建一个可运行shell脚本

Pycharm导入自定义的模块出现红色下划线

Pycharm导入自定义的模块出现红色下划线

Reference

qsub提交到PBS的脚本中不能使用 &（后台运行命令）？！
量子波儿的专栏
02-25 9897
如： #!/bin/bash - ARCHITECTURE=$(getconf LONG_BIT) . /home/USER/setEnv/setROOT.sh 34 . /home/USER/setEnv/setGeant4.sh 96 cd /md3000/data02/Workspace/USER/g4work/simNaI/batchRun/tmp_data_macFiles /md30
qsub 指定节点_集群计算-qsub从节点提交作业时返回错误
weixin_39752788的博客
02-11 1410
我有一个在Torque / Maui系统下运行的复杂的fortran MPI应用程序. 当我运行我的应用程序时，它将产生巨大的唯一输出(？20 GB). 为了避免这种情况qsub 投递任务指定节点，我制作了一个RunJob脚本，该脚本将运行分为5部分，每个脚本产生的输出更小且更易于处理.当前，我的RunJob脚本在第一部分的末尾正确停止，并且还产生正确的输出. 但是，当它尝试重新启动时，会出现以下...
shell Ambiguous output redirect
bdyyt的专栏
08-15 7497
造成此问题的原因可能是 所用shell为csh时，使用了如果是
服务器qsub 运行py文件,在通过qsub从Python提交的集群上运行作业。是否有意义？...
weixin_32838901的博客
08-02 910
它是非常有意义的，虽然我会去另一个解决方案。据我所知，你有程序＃1，它决定你的50,000个文件中的哪一个需要由程序＃2计算。 程序＃1和＃2都是用Python编写的。很棒的选择。如果您运行的是相同的qsub系统，因为我有(不知道我们的叫法)，您不能使用的命令参数提交的脚本。相反，任何选项都通过-v选项，将其放入环境变量，例如：[[emailprotected] ~] $ python ispr...
RHEL6中ssh-copy-id出现Ambiguous output redirect.错误
懒得打字
06-02 2311
问题现象参见： https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1045191 主要原因是另一台主机的SHELL不是sh或者bash造成的 解决方法： 修改/usr/bin/ssh-copy-id，大约41行： { eval "$GET_ID" ; } | ssh $1 "umask 077; test -d ~/.ssh || mkdir ~/.
qsub提交matlab,qsub命令
weixin_34063855的博客
03-20 1036
qsubqsub命令用来向SGE提交批处理作业，SGE支持单或多节点作业。qsub [options ] [ command | -- [ command_args ]]1.-@optionfile (contains all valid options)就是把qsub命令的可选项组合成一定功能的语句，保存在一个文件中。qsub -a optionfilename jobfilename2.-...
python mpi多线程_运行调用使用PBS提交的外部MPI程序的并行Python线程
weixin_33451125的博客
02-09 849
我是python的新手，我不确定在分布式集群上实现多线程/多进程代码的最佳方法是什么 .我正在尝试使用Python编写一个包装器脚本，该脚本使用PBS排队系统调用在大型集群上运行的外部MPI程序 . 下面给出了我一直在研究的(非常)简化版本的脚本类型，其中代码移动到特定目录，运行外部MPI程序并检查结果以查看是否有任何大的更改 .#!/local/python-2.7.1/bin/python2....
qsub提交作业时出现“qsub: submit error (Bad UID for job execution MSG=ruserok failed validating ……”是怎么回事？
最新发布
weixin_45517804的博客
10-25 1992
ruserok是Linux系统中的一个用于对远程主机进行认证的函数，ruserok可看成“ruser”和“ok”的组合，而“ruser”是remote user的缩写，是“远程用户”的意思，所以ruserok是对远程用户的ok不ok的认证。：代理，这通常指的是 MPI 运行时环境中的一个组件或代理，它负责管理进程的启动和通信。综合以上信息，我们可以理解这是一个在节点node7的一个排名第一的进程的报错，在mpi创建新进程时，mpi实现的实用工具的启动出现了问题，具体来讲是没有找到作业程序所在的目录。
Centos7 安装torque,在pbs提交VASP作业任务报错 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
lywal的博客
08-28 972
pbs_mom 和pbs_mom.service位置根据以上设置的位点决定，由以上编译过程可知pbs_mom 位置：/etc/init.d/pbs_mom；pbs_mom.service位置/etc/systemd/system/pbs_mom.service；则会提示/var/spool/torque/mom_priv/jobs/22.node1.SC: line 7: ulimit: stacksize: cannot modify limit: Operation not permitted。
linux输入代码提示错误信息,转：Linux输入输出错误重定向
weixin_39624097的博客
05-09 2532
1. 在FreeBSD中使用command > file 2>&1时候会得到这个错误Ambiguous output redirect出错的原因在于Freebsd默认使用csh，在csh中如果想把标准输出和错误输出同时重定向到一个文件，需要用下面命令command >& file2.Linux重定向是指修改原来默认的一些东西，对原来系统命令的默认执行方式进行改变，...
linux输入qsub显示错误,bash – 如何在qsub中指定错误日志文件和输出文件
weixin_28940217的博客
05-12 643
通常，错误和输出文件以qsub脚本中的pbs指令或qsub脚本的命令行选项的形式给出，如下所示：#! /bin/bash#PBS -q queue_name#PBS -A account_name#PBS -l nodes=12:ppn=12#PBS -l walltime=18:00:00#PBS -e /mypath/error.txt#PBS -o /mypath/output.txt或者作...
linux输入qsub显示错误,linux – 使用qsub运行shellscript的’意外的文件结束’和’错误导入功能定义’错误...
weixin_34030345的博客
05-12 268
我有以下shellscript：#!/bin/shcd /sw/local/bin/export LD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH./FeatureFinderRaw -in /homes/JG-C1-18.mzML -out /homes/test_remove_aft...
python qsub是啥意思_多处理环境中python子进程qsub命令
weixin_36075067的博客
02-09 430
我有一个需要通过lsf场运行的命令列表(使用"qsub -I")。假设命令列在命令中，我使用多处理模块，一次运行两个进程。(我正在使用linux)代码如下：import subprocess, multiprocessingimport os,sys,os.pathdef execCmd(cmd):""" Executes the command """print "Executing:",cmd...
反弹shell,报错 ambiguous redirect
千寻的博客
12-06 6602
问题原因 ambiguous redirect，顾名思义为歧义重定向。 由于命令换行符导致的 解决方法
在北京超算（CPU）上运行自己的python机器学习代码
weixin_63506344的博客
09-16 3300
在官网申请免费试测名额，下载并登录客户端后用SSH或者Putty连接（putty选择最低的网络延迟，弹出的窗口点击yes ）选择自己的账号连接即可。
【报错记录】解决Shell脚本报ambiguous redirect
DCTANT的博客
06-25 1万+
这个问题我翻了一大堆资料，愣是没一个能解决的，一堆博客写的ambiguous！！只能自己动手丰衣足食。报错信息如下图： 脚本第126行报${outCapacityPath}: ambiguous redirect 上面一段脚本的业务是把SQL文件中的存在ip地址的地方替换为本机的ip地址，然后导入MySQL中，第126行就是将替换好的SQL文件输出出来，结果居然这么简单的shell脚本报错了。我是改了一大堆的双引号，大括号，$号，还是一样的问题，还查了一大堆资料，都无济于事，结果还是得自己解决，
linux服务器 qsub .pbs 提交作业 无特殊报错，但是提交不上的 bug
09-03 1906
需要在每次输完代码空一行
Redirect all output to file
玮哥的博客
05-13 928
That part is written to stderr, use 2> to redirect it. For example: foo > stdout.txt 2> stderr.txt or if you want in same file: foo > allout.txt 2>&1 Note: this works in (ba)sh, check your s
shell脚本出现 ambiguous redirect
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二黑黑黑
10-30 5万+
一、背景 在centos7执行脚本，经常出现报错情况。检查脚本并未发现异常，使用sh -x xxx.sh查看脚本运行情况发现问题。 二、步骤 ambiguous redirect，顾名思义为歧义重定向。我检查到了脚本里有一些echo $logfile 往变量里添加日志。前台在往shell脚本传参数时并未通过逻辑判断导致 $logfile 异常，从而脚本不知道改往哪些地方输入日志。 全局变量定义 $...
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