安装eicu数据库！！一篇文章教你如何部署数据库

已于 2023-09-02 18:17:41 修改
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分类专栏： 数据库安装 文章标签： 数据库
于 2023-09-02 17:57:55 首次发布
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在此之前在你的电脑已经安装好了postgesql和navicat，7_zip，软件；

1.首先通过下面的网站下载github脚本：https://github.com/mit-lcp/eicu-code

（注意这里下载的代码是HTTPS下面的，不是GitHub CLI下面的，因为本人之前下载的后者代码在之后sql shell 里面运行的时候报错过！！）

2.其次下载好数据库到本地：eICU Collaborative Research Database v2.0（这里的数据库下载需要权限申请，具体怎么申请可以查阅其他博客）

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eICU数据库中各个数据表的详细含义这些表格共同提供了病人从入院到出院期间的完整护理和治疗过程的详细记录，涵盖药物、实验室检查、诊断、护理和治疗等多个方面。
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总共5GB左右，下载完毕后，将所有压缩文件进行解压，共31个csv表格，解压后共30多GB，我的eICU数据集存放的地址：H:\eICU\eICUdata。如果你的Navicat连接了postgre，那么在Navicat里便可以看到eICU的这些表。地址：https://github.com/mit-lcp/eicu-code。检查数据库内容是否安装正确，全都PASSED则表示全都安装正确。②解压后的eICU数据文件：H:\eICU\eICUdata。①4个sql文件：E:\eicu_load_sql。
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eICU协作研究数据库数据描述符 eICU协作研究数据库的数据描述符，可提交给科学数据。 可以生成一个生成所有表格的笔记本： 。 文件包含提交的源LaTeX。
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阿利斯泰尔·约翰逊 、 汤姆·波拉德 , 奥马尔·巴达维 , 杰西·拉法 发布日期：2021 年 5 月 6 日。版本：2.0.1使用此资源时，请引用：（ 显示更多选项） Johnson, A.、Pollard, T.、Badawi, O. 和 Raffa, J. (2021)。 eICU 协作研究数据库演示（版本 2.0.1）。生理网。eICU Collaborative Research Database Demo v2.0.1。请附上 PhysioNet 的标准引文：（ 显示更多选项） G
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### 下载 eICU 数据库文件的方法 要下载 eICU 数据库文件，需遵循特定流程以获得访问权限。以下是具体方法及相关注意事项： #### 1. 获取访问资格 在下载 eICU 数据之前，必须完成以下步骤以获取合法的访问权： - **参加在线培训课程**：需要完成由 MIT 提供的数据科学伦理与隐私保护相关课程，并取得合格证书。 - **注册 PhysioNet 账号**：前往 [PhysioNet](https://physionet.org/) 注册个人账户[^3]。 - **提交资质证明**：将上述课程的合格证书上传至 PhysioNet 平台，并申请数据访问权限。 - **等待审批**：经过审核批准后，即可正式访问 eICU 数据集。 #### 2. 下载 eICU 数据 一旦获得访问权限，可以通过以下方式下载 eICU 数据： - 登录到 [eICU Collaborative Research Database (CRD)](https://eicu-crd.mit.edu/) 页面。 - 进入 “Data Access” 部分，找到数据下载链接。 - 下载压缩包形式的原始 CSV 文件集合以及配套文档。 #### 3. 准备本地环境 为了加载和处理 eICU 数据，建议搭建 PostgreSQL 或其他支持大规模关系型数据库管理系统的运行环境。按照以下顺序操作可顺利完成部署： - 使用 `CREATE SCHEMA` 命令创建新的 schema 来存储 eICU 表结构[^1]。 - 执行 SQL 脚本初始化表定义 (`postgres_create_tables.sql`) 和导入实际数据 (`postgres_load_data.sql`)。 - 添加必要的索引优化查询性能 (`postgres_add_indexes.sql`)。 - 最终验证所有记录是否正确无误地迁移到目标数据库中(`postgres_checks.sql`)。 #### 示例脚本片段 下面展示了一部分用于设置 eICU 数据库的关键语句作为参考： ```sql -- 设置默认模式路径以便后续操作自动关联到指定 Schema 中 SET search_path TO eicu; -- 导入患者基本信息样例表单逻辑转换过程演示 CREATE TABLE IF NOT EXISTS basic_demographics ( patientunitstayid INT PRIMARY KEY, age NUMERIC, apacheadmissiondx TEXT, gender SMALLINT, hosp_mortality BOOLEAN, icu_los_hours INTEGER); INSERT INTO basic_demographics(patientunitstayid,age,apacheadmissiondx,gender,hosp_mortality,icu_los_hours) SELECT pt.patientunitstayid, pt.age, pt.apacheadmissiondx, CASE WHEN pt.gender='Male' THEN 1 ELSE 2 END AS gender_code, CASE WHEN pt.hospitaldischargestatus='Alive' THEN FALSE ELSE TRUE END AS mortality_flag, FLOOR(pt.unitdischargeoffset/60)::INTEGER AS los_in_hour FROM eicuii.patient pt; ```
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