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RSS订阅原创 解决lmdb.Error: train.lmdb: Not a directory和lmdb.MapFullError: Environment mapsize limit reached报错
打开lmdb文件的代码如下：运行到open这一行的时候就会报错：lmdb.Error: train.lmdb: Not a directorylmdb的默认是打开文件夹的，文件夹下会有两个 不同的文件，需要进行subdir=False的设置解决上面的错误，还会报错：lmdb.MapFullError: mdb_cursor_del: MDB_MAP_FULL: Environment mapsize limit reached这个还需要设置map_size（设置得大一点）
2025-03-04 10:13:28
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原创 用本地浏览器打开服务器上使用的Tensorboard
最近有使用服务器上的Tensorboard的需求，踩了几个雷，现已在搜索和帮助下解决，总结于此。注意安装的版本，和运行时候的–port的输入就好。
2025-03-04 09:59:04
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原创 RDkit相关的化学反应工具RDChiral、RXNMapper
最近在看化学反应相关的知识，补充完RDkit和化学反应相关的内容之后，看到了rdchiral，所以也来总结一下使用相关的内容。这是最近学的化学反应相关的工具，未完待续。
2024-12-19 20:05:21
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原创 OpenNMT-py入门
OpenNMT-py是OpenNMT的Pytorch版本，它是一个 MIT的神经机器翻译框架。它被设计用于研究友好的翻译、总结领域。OpenNMT-py降低算法要求，提供集成的模型供选择，提升了自然语言处理的应用性，可解决多学科问题（不仅翻译）。后续可能补充参数更详细的介绍，因此未完待续。
2024-12-03 17:12:30
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原创 python爬虫-爬取蛋白晶体、分子结构和序列
首先，在对应位置，右键鼠标，点击检查：提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-10-21 10:21:31
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原创 AlphaFold3网页服务器的使用
AlphaFold3发布了，虽然还没开源，但服务器版本的已经可用了。下面是我的try。目前的网页服务器，每天一个账号只能提交20条任务，还挺少的，得珍惜着使用。期待之后开源的AlphaFold3。
2024-05-22 21:21:03
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原创 解决python file.read()读取文件为空报错
read运行的时候，结果和我想要的结果一直不一样，看了是list3的问题，所以就加了第七行print一下f.read()，结果打出来是空的。
2024-04-29 15:12:55
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原创 复盘-SCI论文TOC的绘制
这次绘制论文的TOC也去查了不少资料和观看视频学习，将学习到的内容复盘在这里。以上是关于TOC的复盘，这个阶段就总结复盘完了，之后还有学习内容还会回来总结在这儿，完结撒花！
2024-02-26 11:50:35
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原创 复盘-SCI论文写作的题目、摘要和介绍（创新点）
最近在写论文，再确定好理论、方法、结果和结论部分之后，该进行题目的确定、写摘要和介绍部分了。有很多写作方面的困惑，因此听了一些直播课，把我觉得有用的部分复盘总结在这里。语句一定要注意分寸。跨学科的研究工作需要先介绍跨的学科中这个问题的重要意义。以上就是对于最近直播课学习复盘论文写作的笔记了，希望快点用技巧完成新论文。这里补充一下我现在找到的写论文比较有逻辑的顺序，先进行图表，再写结果，再写方法和理论，然后写介绍，和结论，最后写再摘要。好了，这篇笔记就到此为止了，完结撒花，继续写论文了。
2024-01-24 15:28:00
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原创 解决CondaVerificationError: The package for freetype located at报错
这个错应该是conda出问题了，因为之前这个服务器的conda的base里安装了一些包，后来安装其他环境也很曲折。
2023-08-08 10:45:13
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原创 读书笔记：人工智能与药物设计
这次要写的是一本目前我看过的专业书里最厚的也是最新的一本-《人工智能与药物设计》，主要是总结一些书中所学，顺便把一些连接和网址整理在这里，更方便使用。可能写笔记的顺序会按照我的需要是不和书中的对应的，但标号还是会按照书里章节。今天就开始整理啦！加油加油~慢慢来吧，未完待续，继续努力。
2023-08-03 10:53:56
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原创 复盘-写完一篇SCI论文，投稿前该自检的地方
在几次投稿到不同期刊，收到各种审稿意见之后，我决定复盘一下，下次投稿之前的自检的地方和顺序。下次再赶着投文章，也要耐心先检查这些地方，如果还有遗漏会再回来进行补充的，今天先这样。
2023-07-07 16:58:35
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原创 Open Babel 的使用说明
Open Babel是很好用的生化数据格式转换工具，有window和linux的版本，今天介绍linux版里的相关命令。
2023-05-30 10:55:37
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原创 Linux、Shell入门2-Shell语法入门
这个部分想写一下基本的Shell语法的使用和入门，这个部分也一直在拖延，今天决定开始啦。未完待续。
2023-02-23 16:49:10
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原创 解决Miniconda 2 3 转换问题 ImportError: This package should not be accessible on Python 3.
有一个workflow用到的软件要调用miniconda2.7，但运行的脚本又要用miniconda3下面的环境。
2023-02-20 19:25:45
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原创 读书笔记：深度学习进阶-自然语言处理（俗称鱼书二）
还记得半年前开始看并给鱼书一做笔记的热情，现在想进一步了，作者和翻译作者都非常高效给力了，那么快就出了第二本鱼书-《深度学习进阶-自然语言处理》，本书一共八章，希望每周可以看完并完成一个章节的笔记，深度学习冲冲冲~在啃第一本鱼书的时候，是采用了先看在总结的方式，这次看第二本决定边看边总结，看完一遍可能还得回去再看第二遍，希望这次边学边思的效率高些，加油加油！自然语言处理是让计算机处理自然语言的技术。
2023-01-13 19:16:09
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原创 RDkit入门
今天开始写RDkit的入门教程，每天学习和写一小点，相信一句话“不积跬步无以至千里，不积小流无以成江海”，所以就慢慢来，一点一滴积累叭，从最简单的开始喽希望自己每天都能保持写博客的好习惯，把自己的代码笔记就极在这里，RDkit一块啃了很久的骨头，今天终于要下定决心，好好总结一波了，希望保持这个更新的频率，每天都能有所学。............
2022-08-26 17:08:21
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原创 快速、准确使用EndNote插入参考文献
科研学术小白在SCI写作一定会遇到EndNote插入参考文献的相关问题，如何快速准确一定是大家希望提升插文献效率希望做到的，因为我也是这么被师兄教了好几遍过来的，所以在此总结相关经验，以备查阅和参考。以后再有关于参考文献问题还会继续更新这篇博客的，今天就先这样，完结撒花~endnote插文献的神！...
2022-08-08 10:18:10
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原创 SQL入门
文章目录前言一、SQL里的一些基本概念1.主键2.外键3.索引二、查询数据1.基本查询2.条件查询3.投影查询4.排序5.分页查询6.聚合查询7.多表查询8.连接查询总结前言先给自己挖个坑，SQL今天开始入门，希望可以坚持到底！！一、SQL里的一些基本概念1.主键主键是关系表中记录的唯一标识。主键的选取非常重要：主键不要带有业务含义，而应该使用BIGINT自增或者GUID类型。主键也不应该允许NULL。可以使用多个列作为联合主键，但联合主键并不常用。2.外键关系数据库通过外键可以实现一对
2022-05-31 15:40:21
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原创 读书笔记：深度学习入门-基于python的理论与实现（俗称鱼书）
终于从头到尾把鱼书看完啦，真的是非常入门，非常查漏补缺，对新手很友好，对有一定基础的人也非常不错。看完不复习等于没看，所以今天开始复盘，顺便写这篇读书笔记。希望分享给没看过这本书或者看过这本书的同僚们参考，欢迎大家指教。我将从第三章神经网络开始复习，前两章内容书里已经非常基础and清楚了。（会持续更新滴）.........
2022-05-22 20:32:06
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原创 解决RDkit输入smiles画分子的二维图时出现保存不了图片的问题: AttributeError: ‘Image‘ object has no attribute ‘save‘
问题描述用RDkit输入smiles画分子的二维图的时候出现保存不了图片的问题，代码如下：from rdkit.Chem import Drawfrom rdkit import Chemsmis=[ 'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=O)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3', 'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F', 'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1', 'C
2022-05-13 14:50:31
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原创 解决python 3 文本文件保存str(list)转回list的问题:json.decoder.JSONDecodeError: Expecting value: line 1 column 2
问题描述有个list.txt文本文件，保存的内容是[‘abc’,‘cde’,‘exs’,‘xyz’]要调用它进行列表操作原因分析：直接用json这样写，以为可以无错进行转换了import jsonwith open('./list.txt','r') as f: b=f.read() c=json.loads(b)print(c)结果报错如下json.decoder.JSONDecodeError: Expecting value: line 1 column 2
2022-05-11 17:28:00
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原创 解决python3 pkl文件打印出的数组有省略号的问题（numpy, pytorch）
问题描述python3 load了pkl文件后，发现打印出来的数组有省略号，不能用于继续的计算和操作:import picklewith open('./filename.pkl','rb') as f: data=pickle.load(f) print(data)输出长这样：[[0. 1. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 0. 0. ... 0. 0. 0.] [0. 1. 0. ... 0. 0. 0.] ... [0. 0. 0. ... 1. 0. 0
2022-05-07 08:56:23
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原创 读书笔记：PyTorch生成对抗网络编程
文章目录一、PyTorch和神经网络1.1PyTorch入门1.2初试PyTorch和神经网络1.3改良方法1.4CUDA基础知识二、GAN初步2.1GAN的概念2.2生成1010格式规律2.3生成手写数字2.4生成人脸图像三、卷积GAN和条件式GAN3.1卷积3.2条件式3.3结语总结之前就看过塔里克的python神经网络编程入门的神经网络，现在又买到了塔里克的新书PyTorch生成对抗网络编程，所以这个读书笔记打算边看边开始写了，等全写完再发布，会包括一些我自己对书里概念的理解，以及代码实现中的过.
2021-12-02 11:01:50
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原创 深度学习入门9-填坑之前的注意力机制和torch的squeeze和unsqueeze操作
文章目录一、注意力机制1.基本框架2.实际例子二、torch的squeeze和unsqueeze操作1.squeeze2.unsqueeze总结一、注意力机制1.基本框架import torchimport torch.nn as nnimport torch.nn.function as Fclass Attn(nn.Module): def __init__(self,query_size,key_size,value_size1,value_size2,output_size.
2021-11-01 10:08:27
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原创 深度学习入门8-RNN、注意力机制实现英译法的案例代码实现
文章目录一、案例介绍二、代码实现1.数据预处理2.编码器3.解码器4.基于注意力机制的解码器5.训练函数6.画图和评估函数总结一、案例介绍今天要实现的一个案例是用RNN和注意力机制实现seq2seq的一个英译法的任务，将通过encoder和decoder对语言进行编码和解码。所使用的数据就是一句英文对应一句法文（像下面的图片这样），总共有135842条数据，被保存在一个txt文件中。二、代码实现1.数据预处理#导入open方法from io import open#用于字符规范化imp.
2021-10-30 20:47:40
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原创 深度学习入门7-RNN、LSTM和GRU的一个案例代码实现
文章目录一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据3.读入数据4.读入数据5.读入数据总结一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as snsimport warningswarnings.filterwarnings('ignore')import sslssl._create_default.
2021-10-27 11:04:19
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原创 解决RNN中的RuntimeError: expected scalar type Long but found Float报错
项目场景：今天看了个RNN实例的代码，想用自己的数据试试传入RNN，奈何报错。问题描述：报错是这样的RuntimeError: expected scalar type Long but found Float 原因分析：我报错的输入是这样的：input=torch.tensor([ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
2021-10-26 21:39:53
1983
原创 解决python中的TypeError: embedding(): argument ‘indices‘ (position 2) must be Tensor, not list
问题描述：跑卷积神经网络的时候encoder报了错TypeError: embedding(): argument ‘indices’ (position 2) must be Tensor, not list上一个输出的结果是一个列表，这里需要的是个张量，因此报错。a=[torch.tensor([53, 14, 12, 36, 32, 54, 53, 42, 8, 12, 54, 1, 42, 1, 40, 48, 31, 14, 53, 42, 8, 12, 54,
2021-10-21 19:54:46
6248
原创 深度学习入门6-RNN、LSTM、GRU和注意力机制的代码实现
文章目录前言一、导入库二、各框架实现1.RNN2.LSTM3.GRU4.注意力机制总结前言今天要实现的代码是RNN、LSTM、GRU和注意力机制的框架部分。一、导入库import torchimport torch.nn as nnimport torch.nn.functional as F二、各框架实现1.RNNrnn=nn.RNN(64,4,3) #input_size,hidden_size(隐藏层神经元数),num_layers(隐藏层层数)input=torch.ra.
2021-10-05 17:22:38
2463
原创 深度学习入门4-文本张量的处理（自然语言处理NLP）
文章目录前言一、文本张量表示方法二、文本数据分析1.标签数量分布2.句子长度分布总结前言今天总结的是文本张量的处理方法。一、文本张量表示方法常见的文本张量表示方法包括以下三种：1 one-hot编码是一种0，1表示方式，将有的地方表示为1，无的地方表示为02 word2vec包括CBOW和Skipgram3 word embedding词嵌入方式，将文本转化为张量二、文本数据分析1.标签数量分布import pandas as pdimport matplotlib.pyp.
2021-09-19 21:18:01
752
原创 深度学习入门3-卷积神经网络图像识别的一个例子（训练、测试和模型的加载保存）
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、基本介绍二、代码实现1.了解数据2.构建网络、损失函数、优化器3.训练模型4.模型保存与加载5.测试6.GPU总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、基本介绍今天和大家分享的例子代码是用pytorch实现一个卷积神经网络实现图像识别，
2021-08-24 19:14:47
2476
2
原创 在linux调用pandas出现ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21‘ not found的错误
问题描述：今天检查昨天晚上提交服务器的一个神经网络，发现报错，错误显示如下ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found 原因分析：看了一些帖子要在bashrc里该版本啥的，感觉太麻烦，而且之前也没报这样的错，然后仔细观察了这次的脚本和之前的的不同，进行了尝试。解决方案：报错的写法：import numpy as npimport torch.nn as nnimport torch
2021-08-22 14:42:52
2436
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原创 深度学习入门2-用pytorch构建一个卷积神经网络的必要步骤
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、pandas是什么？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。二、使用步骤1.引入库代码
2021-08-20 11:50:12
484
2
原创 Linux、Shell入门1-一些基本操作
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、vi相关1.光标定位2.复制、粘贴、删除（按行），查找、替换2.退出、保存二、alias、history、变量相关1.alias2.history3.变量4.bash三、数据流重定向和；、&&、||1.数据流重定向2.；、&&、||3.管道|总结前言因为要更加熟练shell，所以也通过写博客的方式帮助自己复习、总结啦，新手上路中，同样欢迎大家指教~一、vi相关这个部分的内容是在命令
2021-08-19 15:23:46
396
1
原创 深度学习入门1-认识pytorch
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、pytorch是什么？前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰
2021-08-19 10:36:40
328
空空如也
python代码 运行报错
2021-01-24
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