RDkit相关的化学反应工具RDChiral、RXNMapper

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前言

最近在看化学反应相关的知识，补充完RDkit和化学反应相关的内容之后，看到了rdchiral和rxnmapper，所以也来总结一下使用相关的内容。

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一、RDChiral

0.安装

要求是：RDKit (version >= 2019)
Python (version >= 3.5)

pip install rdchiral

1.引入库由模板和产物获得反应物（包含立体化学）

在rdchiral原文中，强调它和rdkit的不同在于立体化学的表现，详见文献。
这里先举例实现和rdkit里功能相同的部分，参考的是rdchiral/main.py：

from rdchiral.main import rdchiralRunText, rdchiralReaction, rdchiralReactants, rdchiralRun

reaction_smarts = '([Cl;H0;D1;+0:1]-[c;H0;D3;+0:2](:[c:3]):[n;H0;D2;+0:4]:[c:5])>>(C-[n;H0;D3;+0:4](:[c:5]):[c;H0;D3;+0:2](=O):[c:3]).(Cl