计算相关系数

计算相关系数

cor(x, y = NULL, use = “everything”,method = c(“pearson”, “kendall”,“spearman”))

可以计算三种不同的相关系数如Pearson相关系数、Spearman相关系数、Kendall相关系数。而pcor()函数包则是计算偏相关系数。

** use是指定缺失值的处理方式，系统默认是use="everthing"和method=“pearson”。 **

• 关于use 的参数， 必须是字符串“ everything”，“ all.obs”，“ complete.obs”，“ na.or.complete”或“ pairwise.complete.obs”之一（缩写）。
• 如果use是“everything”，则NA将在概念上传播，即，只要其贡献观察值之一是NA，结果值将为NA。
• 如果use是“ all.obs”，则缺少观察值将产生错误。
• 如果use是“ complete.obs”，则缺少的值将通过按大小写删除来处理（如果没有完整的用例，则会产生错误）。
• 除非没有完整的案例，否则“ na.or.complete”是相同的，从而得出NA。
• 如果use的值为“ pairwise.complete.obs”，则使用对这些变量的所有完整观测对来计算每对变量之间的相关性或协方差。

** 例如 **

> cat("pearson相关系数为",cor(AA[,1],AA[,2],method = "pearson"),"\n")
pearson相关系数为 0.9762 
> cat("spearman相关系数为",cor(AA[,1],AA[,2],method = "spearman"),"\n")
spearman相关系数为 0.9278