dicom转numpy

最新推荐文章于 2024-11-20 16:13:54 发布

原创最新推荐文章于 2024-11-20 16:13:54 发布 · 618 阅读

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import dicom2nifti
dicom2nifti.convert_directory('./input/', './output',compression=True, reorient=True)

但要安装gdcm

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qq_43541908

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nii文件转mha, numpy转mha,dicom转mha

猫头军师兵书

07-07

1837

首先安装 conda install -c simpleitk simpleitk 未完待续

【医学影像数据处理】nii、npz、npy、dcm、mhd 的数据格式互转，及多目标分割处理汇总

钱多多先森

04-22

3万+

医学领域进行数据处理的DICOM、.nii、.npy、.mha、.npz，jpeg、png等格式。

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dicom-numpy:从一组DICOM文件正确生成3D numpy数组

05-14

DICOM脾气暴躁请参阅。

dicom转换

f9547064141的博客

05-21

1237

opencv的imshow、imwrite 用了很久的imshow只会用，不知道原理。发现一个问题把归一化后的图像imshow可以正常显示，此时的类型是float 但是如果把这个float的图像imwrite发现输出全为黑。那么说名imwrite是对0~255的格式进行输出的，归一化后默认都是0了。对于imshow，如果数据是float或者double那么是按照0-1进行显示，如果是uint就是0-255 把原始的dicom转化成png import os import numpy as np imp

1.DICOM文件转array

aigonna

08-06

927

DICOM文件读取来源于 Convert dicom to np.array - the correct way 1. 读取 import numpy as np import pydicom from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut def read_xray(path, voi_lut=True, fix_monochrome=True): """读取DICOM格式数据转为np.array uint8格式"""

3D Slicer 把dicom数据转换成numpy

gylph的博客

09-12

2224

1. 先打开数据找到需要的数据所在文件夹，import im[ort成功后，会提示： load 数据 2. 找到load数据对应信息 3. 写代码在对应下方命令行输入 import numpy as np x = array('4: Recon 3: 5mm/10mm') # 引号内为2找到的当前文件信息 np.save('test.npy',x) ...

dcm转numpy

sdhdsf132452的博客

02-23

1132

from glob import glob import os import pydicom import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def extract_voxel_data(files_path_list): # 将很多dcm切片存成npz数组 arrays = [] for file_path in files_path_list: ds = pydicom.dcmread(file_path)...

利用dicom-numpy库处理DICOM文件生成3D numpy数组

资源摘要信息:"dicom-numpy:从一组DICOM文件正确生成3D numpy数组" 知识点概述： 1. 介绍DICOM文件格式：DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）是一种医疗图像存储与传输的标准格式，广泛用于...

利用SimpleITK将Numpy转Dcm

weixin_45069929的博客

09-20

3381

利用SimpleITK将Numpy转Dcm目的代码质控后记目的在临床和科研中，我们经常需要将numpy数组转换成dicom格式的文件，以方便对这些dicom数据进行处理，例如剂量计算，形变配准或轮廓的映射等等。代码话不多说，直接上代码（适合在jupyter-notebook里运行） import SimpleITK as sitk import sys, time, os import numpy as np #%matplotlib inline import matplotlib.pyplot

nii转dicom + dicom调窗 + dicom转png

最新发布

qq_44942100的博客

11-20

777

【代码】dicom转png。

PIL.Image convert to numpy array

weixin_33730836的博客

12-05

359

当使用PIL.Image读取图像时，如果直接使用numpy.array()转换会出现错误： lst = list() for file_name in os.listdir(dir_image): image = PIL.Image.open(file_name) lst.append(image) arr = numpy...

Dicom转换工具

04-24

Dicom信息显示，Dicom影像格式转换bmp,jpg。资源是一个工具包，可以直接使用

CT图像三维重建

08-16

附带MATLAB源码

医学影像数据集处理01：dcm文件转换为jpg及npy格式

今天要早睡

06-04

6630

本人下载的CT医学影像数据集源文件为DICOM文件，需要进行数据集处理后进行后续的模型训练。 1.dcm格式转换为jpg格式首先考虑将dcm格式转换为jpg格式。

dcm文件之“偷梁换柱”（使用npy文件中的数据替换dcm文件中的影像数据，然后重新保存得到新的dcm格式文件）

^_^

01-27

1962

一. 在医学影像分割过程中，我们使用深度学习模型预测医学影像的分割结果后，一般保存为npy格式的文件（像素值为0,1二值的，0表示背景像素区域，1表示前景像素区域）；二. 在得到npy格式的预测分割数据后，有时候需要使用三维重建软件，将分割后的结果进行三维重建，而此时，一般三维重建软件要求输入的数据为.dcm格式的数据，因此我们就需要把.npy格式的数据转为.dcm格式的数据；三.由于我们...

U-Net与胰腺分割学习（1）

饱腹的鼹鼠的博客

01-15

3227

title: U-Net与胰腺分割学习（1） date: 2020-08-29 08:15:02 tags: CNN 前馈神经网络图像识别 U-Net 胰腺分割 categories: 医学图像处理与医学软件 TCIA (The Cancer Imaging Archive) TCIA是一个包含常见肿瘤（肺癌、前列腺癌等）医学图像及相应临床信息（治疗方案细节、基因、病理等）的大规模公用数据库，其影像模态包括MRI、CT等，图像格式均为DICOM，并且网站内数据在持续增加。所有数据都是由TCIA整理.

医学影像数据集DICOM文件(影像数据+轮廓数据)转为标注可识别 python代码

w524254582的博客

11-24

2055

做记录使用，没有做太多详细注释，当时debug然后根据属性获取转换的。可根据代码内函数自定义改为labelme或者其他可识别的标签文件。dcm后缀数据+轮廓数据转为eiseg标注可识别工具代码。当时找了好多个代码，感觉转换出来都没那么亮，就随便贴一个吧。2.dcom轮廓数据转标注可识别。

Python 处理医学影像学中的DICOM

jiandanjinxin的专栏

03-06

2万+

DICOMDICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（ISO 12052）。它定义了质量能满足临床需要的可用于数据交换的医学图像格式，可用于处理、存储、打印和传输医学影像信息。DICOM可以便捷地交换于两个满足DICOM格式协议的工作站之间。目前该协议标准不仅广泛应用于大型医院，而且已

Python处理医学影像学中的DICOM