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jupyter_tmp http ip:8888 随机域名 China Top。ssh_tmp tcp 22 随机临时TCP端口 China Top。② 配置文件在： /usr/local/etc/cpolar/cpolar.yml，在里面加入。
2025-02-08 16:02:17
284
原创 ITK only supports orthonormal direction cosines. No orthonormal definition found!
用SimpleITK将dicom转为nii，用itksnap4.0版本打开部分nii文件会报错。版本不会，其他版本没测试。
2025-01-16 15:55:59
306
原创 dicom影像坐标转换
到这里后我突然觉得读取ImagePositionPatient属性里的x,y才是准确的，可生成的点还是对不上，真是奇了怪了......此刻想要获取知识的心情达到了顶峰。通过结果反推发现有一部分图像的原点是图像尺寸的正中心，比如512x512的图像，那么原点就是(256,256)，生成的结果感觉上是准的，后面有机会弄清楚了再修改吧。首先观察z值，发现唯一值正好就是图像的数量，而且和图像的SliceLocation是对应的，有个统一的倍数关系。最关键的是确定原点的位置，
2025-01-16 15:16:15
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原创 conda虚拟环境+uWSGI
如果有报错，检查 requirements.txt 文件里是否有包后面跟了下载地址，删除即可。再导出该环境下的包： pip freeze > requirements.txt。同样先激活环境： conda activate test1。但我又犯懒了，等到必须使用python3.9时我再去一步步试验。之前在python3.9下用以下命令也可以成功安装uWSGI。1、创建虚拟环境：（以环境名test为例）
2024-11-08 15:11:18
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原创 RTSTRUCT文件解析
那天拿到一个影像序列和RTSTRUCT文件，RTSTRUCT文件也是dcm格式，试了好几种方法都解析不了，报错缺少像素信息，折腾半天，上网一搜，原来有专门的库解析RTSTRUCT文件啊，为自己浪费的时间无语得笑了一下。
2024-11-07 11:19:27
373
1原创 2D分割模型segmentation_models_pytorch
（unet.py里的mix_type参数可以控制检测结果的可视化方式：mix_type = 0代表原图+预测的mask，mix_type = 1代表仅保留预测的mask、mix_type = 2代表扣去背景，仅保留原图中的目标）。还会在 ./miou_out 下生成各类指标confusion_matrix.csv、mIoU.png、mPA.png、Precision.png、Recall.png，根据混淆矩阵。①按需修改get_miou.py里的。②在unet.py里修改。
2024-10-14 13:38:57
588
原创 关于png/nii.gz格式的mask的各种处理
1、读取唯一像素值：（会出现不是整数的情况）① nii.gz（单个文件）import numpy as npimport nibabel as nibfile_path = "./test.nii.gz"img = nib.load(file_path)data = img.get_fdata()unique_values = np.unique(data)print(unique_values)② png（文件夹）import osfrom PIL import Im
2024-10-12 17:03:10
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原创 dicom属性对照
可以找到指定序列的图像，如T1WI（T1加权）、T2WI（T2加权）、DWI（弥散加权）、C-pre（平扫）、C+A（动脉期）、C+V（静脉期）、C+Delay（增强延迟期）、In Phase（同相位）、Out Phase（反相位）等。可以判断dicom影像是否彩色图，结果为3则为RGB，结果为1则为灰度图。通过读取dicom影像的某些属性可以进行查询和筛选。2、图像独立平面数量。3、SOP类唯一标识。
2024-09-19 13:14:20
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原创 Ubuntu上修复移动硬盘
移动硬盘在中秋前出bug了，插上之后Windows就白屏，有时候拔掉硬盘Windows就立马恢复正常，有时候还是白屏得重启。按照网上说的sudo fdisk -l列出所有磁盘，对比插入硬盘前后多出来的磁盘，发现是/dev/sda，再试sudo fsck /dev/sda命令进行修复，显示/dev/sda正被使用。然后就不想搞了哈哈哈哈哈哈，网上也有说Ubuntu可以自动修复损坏的硬盘的，我就等了等，过了会硬盘就成功挂载上了，里面的文件也可以打开了，卸载后插到Windows上居然就正常了哈哈哈哈哈，神奇。
2024-09-18 14:16:56
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空空如也
空空如也
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