450K甲基化探针cg编号（比如cg13788592）获取对应的基因组坐标位置（chr:position）

已于 2024-06-12 17:09:18 修改
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文章标签： python
于 2024-03-21 14:55:21 首次发布
原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/sinat_32872729/article/details/131725623
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博客介绍了获取芯片文件及提取信息的方法。可从网页搜索下载芯片文件，也能从NCBI下载450K或850K芯片文件，其中包含cg位点基因组坐标信息。还指出NCBI中对应芯片的平台，以及芯片文件表头解释，如各列代表的含义。

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  1. 从网页搜索获取：
    转载原文

  2. 下载芯片文件，从中提取
    或者从NCBI下载450K或者850K芯片的文件，里面有cg位点的基因组坐标信息。

在这里插入图片描述
NCBI中搜索450K， 在词条中，平台 GPL13534 是450K芯片， GPL21145是850K芯片。

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
点进去后可以看到平台信息，在最后可以下载芯片文件

#下载表头解释文件
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL13nnn/GPL13534/suppl/GPL13534_450K_Manifest_header_Descriptions.xlsx.gz
#下载芯片文件
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL13nnn/GPL13534/suppl/GPL13534_HumanMethylation450_15017482_v.1.1.csv.gz

表头解释文件如下：
在这里插入图片描述
芯片文件中 第1列为cg位点名称，第11列Genome_Build为基因组版本（37版本），第12列CHR为基因组染色体号，第13列MAPINFO为基因组坐标（只是c的坐标，g的坐标需要再+1）

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