
生物信息学
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AutomateTheBoringStuffWithPython
Python编程快速上手—让繁琐工作自动化 Automate The Boring Stuff With Python第一部分 Python编程基础第 1 章 Python 基础1.1 在交互式环境中输入表达式操作符**%///*-+操作指数取模/取余数整除/商数取整除乘减加1.2 整型、浮点型和字符串数据类型int float char1.3 字符串连接和复制连接:+>>>'Hello' + ',' + 'World'原创 2021-03-04 22:14:18 · 2662 阅读 · 1 评论 -
IterativeTransferLearningWithNeuralNetworkForClusteringAndCellTypeClassificationInscRNA-seqAnalysis
Iterative Transfer Learning with Neural Network for Clustering and CellType Classification in Single-cell RNA-seq Analysis ——20210301Background 单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析的一个重要步骤是通过聚类来确定细胞群或类型。细胞类型的知识可以揭示细胞在组织、发育阶段和生物体中的异质性,并提高我们对细胞和基因功能在健康和疾病中的理解。但其高维性和遗传的原创 2021-03-03 00:48:03 · 943 阅读 · 0 评论 -
chr Palindromes
字符串处理var = ${}cat config | while read iddo sed -i "s/ /,/g" outM.txt ##字符替换 cat $id.txt | while read jd do echo ${var:${jd%,*}:${jd#*,}} >> chr$id.txt donedone原创 2021-01-18 21:55:41 · 158 阅读 · 0 评论 -
GATK4 简易用法 --20201213
ContentsJava command basicsUsing the gatk wrapper script (recommended)Adding GATK argumentsAdding Java argumentsAdding Spark argumentsExamples of real commands1. Java command basicsGATK follows the basic Java command-line syntax:java -jar progra原创 2020-12-13 21:19:05 · 1177 阅读 · 0 评论 -
2020-12-09
qsub任务提交系统qsub -a [YY][MM][DD][hh][mm][ss] run.s#参数解析#指定节点数目 ppn指每个节点运行的cpu数量(4个小节点,每个48个CPU)#PBS -l nodes=1:ppn=16#指定合并到标准输出文件中#PBS -j oe#设置程序运行的最大时间192小时#PBS -l walltime=192:00:00#指定qsub的所有环境变量都传递到批处理作业中#PBS -V#输出文件#PBS -o /public/home/ta原创 2020-12-09 23:11:26 · 341 阅读 · 0 评论 -
肿瘤外显子数据分析 -- 20201119
WGS原创 2020-12-10 21:25:17 · 5160 阅读 · 0 评论 -
生物信息学 之 序列比对
针对DNA、RNA以及蛋白质序列,我们需要对其进行序列相似性搜索,来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】 <==> 双序列比对( Pairwise sequence Alignment )同源性【homology】 <==> 多序列比对 (Multiple Sequence Alignmen...原创 2020-02-27 20:46:50 · 3566 阅读 · 0 评论 -
生物信息学 之 fastQ
fastQ格式是保存核酸序列及其测序质量得分信息、由单个ASCⅡ字符表示的文本格式,是当前保存高通量测序结果的事实标准。格式(四行/序列)第一行: @序列标识符及描述信息第二行: 序列信息第三行: +序列的标识及描述信息(可选)第四行:FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成:第一行以@开头,之后为序列的标识符以及描述信息(与FASTA格式的描述行类似)第二行为序列信息第三行...原创 2020-01-10 19:36:44 · 337 阅读 · 0 评论