ggplot2|ggpubr配对箱线图绘制与配对检验

最新推荐文章于 2025-11-19 15:12:33 发布

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#数据挖掘 #数据分析 #r语言

本文介绍如何使用R语言的ggplot2和ggpubr包绘制配对箱线散点图，通过实例展示了两种方法的具体步骤及显著性检验过程。

在日常研究中，我们会碰到配对资料，例如同一病人治疗前后的变化，同一病人癌组织和癌旁组织基因表达，类似于等等都需要配对资料。对于这类数据的展示通常使用配对点图来可视化，这里我们演示配对箱线散点图的绘制。

绘图数据结构包括三列，一列是表达量，一列是分组，还有一列是样本ID。

这里我们用两种方法实现配对的做法，并对数据进行显著性检验。

一、ggplot2---代码有注释


setwd("F:/生物信息学/配对箱线图")
df <- read.csv("mybox.csv",header = T)
library(ggplot2)
library(forcats)
df$group <- as.factor(df$group)
df$group <- fct_inorder(df$group)

ggplot(df, aes(x = group, y = gene.expression)) +
  geom_boxplot(aes(fill = group), show.legend = F, width = 0.6) +  #箱线图
  scale_fill_manual(values = c('#00AFBB', '#E7B800')) +  #设置颜色
  geom_point(size = 3,color='red') + 
  geom_point(size = 3,shape=21) +  #绘制散点
  geom_line(aes(group = sample), color = 'gray', lwd = 0.5) +  #配对样本间连线
  theme(panel.grid = element_blank(), 
        axis.line = element_line(colour = 'black', size = 1), 
        panel.background = ele