ADNI的MRI数据处理学习过程 （HD-BET去脑壳，FSL模板配准等）

FSL学习过程

下载及安装

​ FSL只能在Linux下运行，这里选择在WSL（windows的Linux子系统）中配置FSL。

1. 下载：从官网FSL - FslWiki (ox.ac.uk)下载安装FSL的python文件“fslinstaller.py”。

2. 安装：在WSL中输入 python3 fslinstaller.py，然后输入yes，等待脚本自动下载安装，完成后结果如下图。

使用

​ FSL除了使用bash命令和可视化UI进行使用以外，也可以用Python和R语言进行调用。这里记录Python调用的方法，用到的库为fslpy，由于网上基本没有这个库的教程，这里就安装官方文档的内容进行记录，可能会有些地方有理解错误。

fslpy的安装

​ 参考链接 ——> { PyPI：fslpy · PyPI GitHub：GitHub - pauldmccarthy/fslpy: This is a mirror. }**

​ 1. 库的安装： 通过pip安装，pip install fslpy；或是conda，conda install -c conda-forge fslpy
​ 2. 依赖库的安装： wxPython；indexed_gzip；trimesh；Pillow （直接用conda或者pip就行）
​ 3. API文档： https://open.win.ox.ac.uk/pages/fsl/fslpy/

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配准到MNI152模板

​ 1. 按照官方文档的建议，首先应该先把图像的方向和模板进行统一，使用fslreorient2std进行处理。

​ 结果参考如下：

​ Python代码，直接在对应目录下打开powershell然后运行wsl，切换conda环境就可以运行Python脚本：

import os
from tqdm import tqdm
from fsl.wrappers import misc

path