FSL学习过程
下载及安装
FSL只能在Linux下运行,这里选择在WSL(windows的Linux子系统)中配置FSL。
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下载:从官网FSL - FslWiki (ox.ac.uk)下载安装FSL的python文件“fslinstaller.py”。
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安装:在WSL中输入
python3 fslinstaller.py,然后输入yes,等待脚本自动下载安装,完成后结果如下图。

使用
FSL除了使用bash命令和可视化UI进行使用以外,也可以用Python和R语言进行调用。这里记录Python调用的方法,用到的库为fslpy,由于网上基本没有这个库的教程,这里就安装官方文档的内容进行记录,可能会有些地方有理解错误。
fslpy的安装
参考链接 ——> { PyPI:fslpy · PyPI GitHub:GitHub - pauldmccarthy/fslpy: This is a mirror. }**
1. 库的安装: 通过pip安装,pip install fslpy;或是conda,conda install -c conda-forge fslpy
2. 依赖库的安装: wxPython;indexed_gzip;trimesh;Pillow (直接用conda或者pip就行)
3. API文档: https://open.win.ox.ac.uk/pages/fsl/fslpy/
配准到MNI152模板
1. 按照官方文档的建议,首先应该先把图像的方向和模板进行统一,使用fslreorient2std进行处理。

结果参考如下:

Python代码,直接在对应目录下打开powershell然后运行wsl,切换conda环境就可以运行Python脚本:
import os
from tqdm import tqdm
from fsl.wrappers import misc
path

本文记录FSL学习过程,FSL只能在Linux下运行,选择在WSL中配置。介绍了下载安装方法,还说明了使用Python调用FSL的方法,包括fslpy库的安装。此外,讲解了将图像配准到MNI152模板的操作,补充了空间变换、代价函数等知识,还提及分割脑壳的模型。
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