rdkit 修改分子

最新推荐文章于 2025-06-29 12:16:49 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit 添加氢原子AddHs RemoveHs python GetIsAromatic

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_36801966/article/details/106494102

本文介绍了如何利用RDKit库在Python中对分子进行操作，包括添加和删除氢原子。详细解析了AddHs和RemoveHs函数的使用，并探讨了处理芳香键类型转换的问题，强调了在3D构象优化时使用显式H原子的重要性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

文章目录

一、引入所需库
二、增删H原子
三、芳香共轭键和库里单双键
- 3.1 将芳香键的类型修改为单双建的类型

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 修改分子

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

二、增删H原子

mol = Chem.MolFromSmiles('OC1C2C1CC2')
# 画分子结构
Draw.MolToImageFile(
    mol,
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol5.jpg'
)

分子结构图：

2.1 增加H原子函数解析

将氢添加到分子图上

rdkit.Chem.rdmolops.AddHs(
    (Mol)mol   # 要修饰的分子
    [,(bool) explicitOnly = False # （可选）如果设置了此切换，则仅将显式Hs添加到分子中。默认值为0（添加隐式和显式Hs）。
    [,(bool) addCoords = False # (可选) 如果设置了此开关，则Hs将设置3D坐标。默认值为0（无3D坐标）。
    [,(AtomPairsParameters) onlyOnAtoms =