ITK配准踩坑

最新推荐文章于 2023-12-22 17:29:59 发布
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分类专栏： VTK和ITK
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_36459662/article/details/115446426
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博客详细探讨了ITK配准过程中的关键概念，包括fixed与moving图像的变换关系，指出网上资源的不足，并强调官方论坛和Google的重要性。还介绍了仿射变换的不同表示方式，以及世界坐标系和图像坐标系的转换，特别是NIFTI文件中的origin、voxel spacing和Orientation的概念。

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卡了挺久的东西终于弄好了，csdn上配准的博客就没什么能看的，ITK相关的东西还是尽量去官方论坛或者google

fixed与moving

得到的transform是把fixed的点映射到moving点的变换。网上很多配准的博客讲的都不清楚。

moving配准到fixed，但是采样的方向是fixed到moving，resampler输入的是transform和moving image，但是其实是transformInverse将moving变到output Image。
image-20210403153626033

仿射变换

仿射变换可以由matrix、center、translation确定，也可以由matrix、offset确定。

itk中observer输出的transform的matrix和offset是在世界坐标系下。
image-20210402160439326

坐标系

世界坐标系：
图像坐标系：都是正整数，就是像素的index，可以由(世界坐标 - origin)/spacing得到
物理坐标系（？不知道是不是叫这个）：图像坐标 * spacing

NIFTI

origin：表示图像坐标系原点在世界坐标系中的位置
voxel spacing：每个像素的实际距离间隔
Orientation：要注意这个方向，itk的world units和nifti的world units可能有正负的区别
在这里插入图片描述

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06-11 857
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图像配准的定义： 图像配准是将一幅图像上的点映射到另一幅图像上同源点的空间转换过程。eg:平移、旋转、缩放等变换。下图为镜像变换。 配准框架： 配准框架的基本成员：两个输入图像、一个变换、一个路径选择、一个校对机和一个优化器。 过程：待配准图像通过 变换函数（T（x）） 到参考图像的映射过程。 传递函数 T(X)表示从参考图像上的点到待配准图像上的点的空间映射关系。
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这里介绍通过simpleITK，实现两组图像的配准。这里具体应用场景是CT图像和MRI图像的配准。 目录 simpleITK实现的流程PipeLine 对应代码的具体实现 配准参数的解释和设置 代码实现 配准结果显示 小结 simpleITK实现的流程PipeLine simpleITK有提供了一个配准框架，实现迭代优化。其中，本人总结了simpleITK刚性配准的实现模板，此处与大家分享。 对应代码的具体实现 配准参数的解释和设置 • 相似性度量，互信息（Mattes ..
【ITK库学习】使用itk库进行图像配准：内插器（插值）
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配准时，参考图像的网格位置没有映射到待配准图像的网格位置时，就需要用差补法来计算待配准图像中非网格位置上的亮度值。在ITK中主要用interpolator类实现，能够插入配准函数中。配准计算中，差补法会影响最后花的平滑度和总计算时间，因此选择具体的差补方法时要考虑平滑度和计算简化两个方面。
simpleitk 配准
07-02
### 回答1： SimpleITK是一个用于图像处理和分析的开源软件库。它提供了一个简单的界面，用于进行图像配准，即将不同图像或不同时间点的图像对齐。 SimpleITK的配准功能非常强大和灵活。它可以对不同类型的图像进行配准，包括二维和三维图像，以及不同的图像模态（如MRI、CT等）。配准的目标是找到最佳的转换参数，使得两个或多个图像的空间位置最为接近。 SimpleITK提供了多种配准方法，包括刚性配准和非刚性配准。刚性配准是通过旋转、平移和缩放等刚性变换来对图像进行对齐。非刚性配准则允许更复杂的变换，如弯曲、拉伸和扭曲。 使用SimpleITK进行配准非常简单。首先，我们需要载入要配准的图像，并将其转换为SimpleITK图像对象。然后，选择适当的配准方法，并设置一些参数，如迭代次数和步长等。最后，调用配准函数，将原始图像和参考图像作为输入，并得到配准后的图像。配准结果可以通过将图像保存到文件或在可视化工具中显示来进行验证。 SimpleITK的配准功能在医学影像领域广泛应用。它可以用于病灶检测、手术导航、疾病诊断等任务。配准可以提高准确性，使得不同时间点的图像能够更好地比较，帮助医生做出更可靠的诊断和治疗决策。 总之，SimpleITK提供了一种简单而强大的方法来进行图像配准。它使得配准变得容易，并且具有广泛的适用性。无论是医学影像还是其他领域的图像配准任务，SimpleITK都是一个值得使用的工具。 ### 回答2： SimpleITK是一个用于医学图像处理的简单、快速且强大的开源工具包。配准（registration）是SimpleITK中一个重要的功能，用于对医学图像进行对齐、校正或匹配，以帮助研究人员更好地分析和比较不同图像。下面将详细介绍SimpleITK配准的主要步骤和功能。 第一步是加载需要进行配准的医学图像。SimpleITK可以读取常见的医学图像格式，如DICOM、NIFTI等，使得数据的获取变得十分简单。 第二步是选择适合的配准方法。SimpleITK提供了多种配准算法，包括刚体（rigid）、非刚体（affine）和形变（BSpline）配准等。根据实际需求，选择合适的方法进行配准。 第三步是定义图像对齐的度量标准。SimpleITK提供了各种度量标准，如均方差（MeanSquares）、互信息（MutualInformation）和精度（MattesMutualInformation）等。通过度量标准，可以评估配准结果的好坏，并根据实际需求进行调整。 第四步是设置优化器和迭代次数。SimpleITK提供了多种优化器选择，如最小化梯度下降（GradientDescent）、自适应学习率（AdaptiveStochasticGradientDescent）等，同时还可以设置迭代次数来控制配准的精度和速度。 第五步是执行配准操作。通过调用SimpleITK中的配准函数，将需要配准的图像和以上参数传入进行配准操作。配准完成后，可获得配准后的图像结果。 最后一步是保存配准结果。SimpleITK支持将配准后的图像保存到磁盘上，以便后续的分析和使用。 SimpleITK的配准功能提供了一种快速、简单且有效的方法来对医学图像进行对齐和校正操作。通过使用SimpleITK，能够方便地实现医学图像配准的各个步骤，并根据实际需求进行调整和优化，帮助研究人员更好地利用医学图像进行研究和分析。 ### 回答3： SimpleITK是一个用于医学图像处理的工具包，其中的配准功能对于医学图像的分析和处理非常重要。 首先，配准是一种将不同图像或不同时间点的同一图像对齐的技术。在医学领域，图像配准可以用于将来自不同患者的医学图像对齐，以便进行比较和分析。此外，在手术前和手术后的图像对齐，可以用于手术规划和评估手术的效果。 SimpleITK中的配准功能可以通过一系列的步骤来实现。首先，我们需要加载要对齐的图像，并将其转为SimpleITK的图像格式。然后，我们可以选择合适的配准算法，比如最小均方差(Mean Squares)或最小单元(MinimumUnit)，并设置相应的参数。 接下来，我们可以使用SimpleITK提供的不同配准方法进行图像配准。例如，使用ElasticTransform可以通过估计图像变形来对齐图像，而使用AffineTransform可以利用刚性变换来对齐图像。 在配准完成后，我们可以进一步评估配准的准确性。这可以通过计算对齐图像之间的相似性度量，比如均方根误差(RMSE)或互信息(Mutual Information)来进行。 最后，我们可以保存配准后的图像，并进行后续的处理和分析。 简而言之，SimpleITK中的配准功能提供了一种方便且高效的方法来对医学图像进行对齐。它具有多种配准算法和参数可以选择，并提供了评估和保存配准结果的功能。通过使用SimpleITK的配准功能，我们可以更好地利用医学图像进行研究和临床应用。
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