基于MetaNetX网站的在线代谢敲除模拟与自动建模

0 前言说明

本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行，探究挖掘不同生物间的进化关系。

系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/118958463

1. 网站介绍

1. 代谢网络模型的构建和发展已经过多年，通过粗模型的构建和修正、数学模型的转换以及模型的评估调试等标准方法，利用COBRA TOOLbox工具可以手动构建GEM，但是这一过程往往需要数月到两年的时间，现已开发出多种用于GEM自动重建的工具以及多个模型数据库，如MetaNetX数据库（http://www.metanetx.org/）。
   随着建模方法随着建模方法的不断发展, 经过添加细胞分区、跨膜转运反应、电荷和质量平衡等一系列的精细化处理, 模型的信息丰度(基因、代谢反应和代谢物数目)和质量逐步提升.

2.网站使用

自动建模存在的问题

1）名字需要替换成特定规则，针对于构建酶约束代谢网络模型是关键。
2）上下限范围需要调整，根据实验结果修改

其他问题

1. 具体问题可发邮件到1602480875@qq.com 交流