基于3d slicer开发医学图像标注插件

本文介绍了如何基于开源医学图像处理软件3D Slicer开发医学图像标注插件。利用C++编程,插件实现了 DICOM 信息导出、PACS诊断信息录入、标注信息录入和XML格式标注文件的自动生成与解析。主要应用于乳腺和肺结节图像标注,为深度学习算法数据集提供高效标注工具,标注信息以XML格式存储,便于跨平台数据共享。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

基于3d slicer开发医学图像标注插件

3d slicer是一款开源的医学图像处理软件,它基本上集成了医学图像处理的所有功能,包括重建、分割、配置、分析、实时导航等功能。3d slicer是基于ITK、VTK、DCMTK、CTK、QT等开发的,以插件的方式实现医学图像的处理分析功能,提供了C++、Paython、CLI的程序开发接口。我们通过编译源码,采用C++实现了一个医学图像标注插件。该标注插件实现了DICOM信息的导出、PACAS诊断信息的录入、标注信息的录入、自动生成XML格式的标注文件以及标注文件的解析。它主要应用于乳腺图像和肺结节图像的标注,为医学图像数据集的收集提供更加简单、快捷的标注工具,自动生成标签文件。立方体感兴趣区域标示出病灶的边界,得到病灶的中心位置和半径,适用于二维和三维图像的标注,这样的标注模式更加适用于深度学习算法数据集的标注。标注信息文件采用XML格式,使得在不同平台上的数据交换和共享成为可能。


该插件各个模块的功能如下:
### 如何在3D Slicer中对上颌骨进行分割和标注 #### 准备工作 确保已经成功安装并配置好3D Slicer环境[^1]。加载含有目标解剖结构(即上颌骨)的医学影像数据集到软件内。 #### 加载图像数据 通过`File -> Add Volume...`菜单选项导入DICOM或其他支持格式的文件,确认所选体素代表的是头颈部区域扫描结果,以便后续操作能够聚焦于上颌部位。 #### 使用Segment Editor模块进行初步划分 进入`Modules -> Segmentations -> Segment Editor`界面,在此可以利用多种工具来定义感兴趣区(ROI),对于复杂形状如上颌骨而言,“Draw”、“Paintbrush”等功能尤为适用;另外还可以借助阈值调整功能自动识别特定密度范围内的像素作为初始轮廓的一部分。 ```matlab % 这里提供了一个简单的MATLAB脚本用于批量处理类似的分割任务, % 用户可以根据实际情况修改参数适应具体需求。 function segmentMaxilla(inputVolumePath, outputLabelMapPath) % Load input volume data vol = dicomread(inputVolumePath); % Define threshold values suitable for maxillary bone segmentation lowerThreshold = 200; % HU units upperThreshold = 3000; % Apply thresholding to create binary mask of the maxilla region bwMask = imbinarize(vol, [lowerThreshold/1000, upperThreshold/1000]); % Save resulting label map as NIfTI file compatible with 3D Slicer niftiwrite(bwMask, outputLabelMapPath); end ``` #### 应用模型编辑器细化边界 完成粗略勾勒之后,转至`Model Maker`插件进一步优化表面几何形态,消除可能存在的噪声干扰项,并使最终形成的三维实体更加贴合实际生理特征。 #### 添加标签说明 最后一步是在生成好的分段对象上附加必要的元数据描述——这通常涉及到设置颜色编码方案以及撰写简短的文字解释,方便日后查阅或与其他研究者交流成果时使用。可通过右键点击左侧项目列表中的相应条目选择属性对话框来进行上述设定。
评论 9
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值