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原创【Endnote X9】无法在线搜索-提示windows error 12029

Endnote无法联网搜索，提示windows error 12029的解决方法

2022-09-14 21:37:23 5961

原创 cuda10.0配置pytorch1.7.0+monai0.9.0

CUDA10.2（10.0能用，但如果命令里面写cudatoolkit=10.0，pytorch是cpu版的，不好改过来）condainstallnumpy=1.21(monai依赖numpy>=1.17,pytorch>=1.7.0)没有对应cuda10.0的命令，重装10.2嫌麻烦，尝试直接用10.2的cudatoolkit，结果可行。1.pytorch安装。2.monai安装。...

2022-07-20 20:43:55 1817

原创 [Python][CV2]cv2.imwrite写jpg图像会引入噪声

cv2.imwrite写jpg图像会引入噪声，而写png图像就不会，差点被坑。猜测可能因为jpg是压缩格式？

2022-06-08 09:06:23 496

原创【文献调研】在Pubmed上搜索特定影响因子期刊上的论文

1. 在scholarscope上按影响因子（IF）找出期刊的标准国际刊号ISSN：PubMed Filter 生成器 | Scholarscopehttps://www.scholarscope.cn/tools/issn.html2. 在Pubmed上建立自定义的filter：Dashboard -> manage filters -> create custom filter -> 复制ISSN至Qurey terms -> save filter -> 选择f.

2021-09-29 09:07:13 2029

原创【Pyradiomics】提取的影像组学特征值不正常（很多0和1）

用Pyradiomics提取的影像特征很多都是0和1（下图excel表），这样看起来不太正常，可能也会影响建模结果。原因是归一化的问题。需要修改参数文件*.yaml。如果设置了归一化 normalize: True（或者自己进行归一化），那么灰度值范围在0-1之间，此时如果设置了binWidth: 32（其他值也一样），那么就会产生以上情况。这是因为程序会将灰度值按每间隔32归为1个bin，也就是0-32归为1个灰度级，依次类推。所以有两种解决方法：1.binWidth: 32...

2021-07-29 23:19:30 2382 1

原创【系统问题】.NET Framework 3.5 安装错误

安装exe时，提示需要安装.NET Framework 3.5，但是点击下载更新，却又提示错误: 0x80d03805。解决方法：可以在启用 .NET Framework 3.5 功能时，将 Windows 安装媒体（安装U盘）用作文件源。为此，请按照下列步骤操作：插入 Windows 安装U盘，找到以下文件夹 U:\sources\sxs（根据U盘盘符不同进行调整，也可以拷贝到硬盘，比如D:\NetFrameWork\sxs）。右键开始菜单的window徽标，运行windo.

2021-07-28 16:33:15 2209

转载【python】只保留字符串中的英文字母

>>> s = 'as32{ vd"s k!+'>>> ''.join(x for x in s if x.isalpha())'asvdsk' >>> filter(str.isalpha, s) # works in python-2.7'asvdsk'>>> ''.join(filter(str.isalpha, s)) # works in python3'asvdsk'

2021-07-07 20:11:10 5554

转载【python】汉字转拼音

import pypinyin# 不带声调的(style=pypinyin.NORMAL)def pinyin(word):s = ''for i in pypinyin.pinyin(word, style=pypinyin.NORMAL):s += ''.join(i)return s# 带声调的(默认)def yinjie(word):s = ''# heteronym=True开启多音字for i in pypinyin.pi...

2021-07-07 10:42:10 211

原创【python】将单通道图像转换为3通道图像

#single channel image# shape of img is [x, y]# repeat as three channels# shape of img_3channel is [x, y, 3]img_3channel = np.repeat(img[..., np.newaxis], 3, 3)

2021-07-01 16:06:15 1144

原创【Python】【SimpleITK】医学影像重采样至指定的Spacing

import osimport SimpleITK as sitkdef resampleVolume(outspacing, vol): """ 将体数据重采样的指定的spacing大小\n paras： outpacing：指定的spacing，例如[1,1,1] vol：sitk读取的image信息，这里是体数据\n return：重采样后的数据 """ outsize = [0, 0, 0] # 读取文件的size和sp.

2021-07-01 16:02:25 4517

原创【pyradiomics】bugFix：GLCM特征时：IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type

GLCM特征时出现bug：IndexError:arrays used as indices must beof integer (or boolean) type解决方法：https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics/issues/634也就是：Downgrading numpy from1.19to1.18by running:pip install numpy==1.18It extracted everything fine....

2021-04-26 10:03:57 287

原创【坑】python、R里面条件判断是不一样的

R语言：if(label[ind]==1 & pred==1){TP <- TP +1 }Python：if y_test_p == 1 and preds_label_p == 1: TP = TP + 1 # 这里把and写成&也不会报错，但是会出现很奇怪的结果！

2021-04-15 14:38:14 161

原创对NLP中transformer里面decoder的理解

刚接触NLP这块，有两个关于transformer的问题：1）为什么要有decoder？如果encoder后面直接接全连接不可以吗？2）为什么decoder要有mask？为什么要按时间步一个字一个字翻译？这样的话，是不是英语从句翻译成汉语就不可行，比如 He is a person who wears a red t-shirt. -> 他是一个穿红色t恤的人。想了下应该是下面的原因：1）decoder相当于有两个输入，一个是encoder编码的全局语义信息（使得decoder能够看到

2021-03-30 17:48:13 2705 1

原创 DWI图像从DICOM Tag识别 b value 的方法

DWI序列图像包含高低b值的DICOM图像，经常需要将高低b值DICOM图像分开以便后续计算。一般来讲DWI图像DICOM TAG里面的b值读取按以下规则：https://www.na-mic.org/wiki/NAMIC_Wiki:DTI:DICOM_for_DWI_and_DTI即按机器厂家区分：Philips: b_value (0018,9087) ----- 0 1000 （这也是DICOM标准推荐的tag）SIEMENS: b_value (0019,100C) -----...

2021-03-24 16:52:53 3505 1

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