Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 'digest'

α 写在前面

• 如何利用R语言进行有效数据分挖掘
  • eclipse + StatET
    • 实际开发中感觉有些繁琐
    • R语言开发工具之eclipse+StatET
  • Jupyter + R
    • 推荐
    • Jupyter 安装 R内核

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β 问题描述

• 基于Jupyter，R语言开发过程中，通过 install.packages('xxxx') 命令安装某些包后，R内核启动失败。
  • 具体异常如下所示：

    [W 13:45:25.693 NotebookApp] 404 GET /api/kernels/f729993b-f6da-4a05-95eb-16c3b82e99b2/channels?session_id=288c20f6eee8436588648d7d224c213c (::1): Kernel does not exist: f729993b-f6da-4a05-95eb-16c3b82e99b2
    [W 13:45:25.699 NotebookApp] 404 GET /api/kernels/f729993b-f6da-4a05-95eb-16c3b82e99b2/channels?session_id=288c20f6eee8436588648d7d224c213c (::1) 15.20ms referer=None
    [I 13:45:37.940 NotebookApp] Creating new notebook in
    [I 13:45:38.708 NotebookApp] Kernel started: ed892fca-898e-44b0-ba2e-6145d309b3ac
    Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
      'digest'
    Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
    

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γ 解决方案

• 通过console 切换到 IRkernel 目录，执行 ../bin/x64/Rgui.exe 。通过弹出的 RGui 安装 digest 包，如下图所示：
  

• 根据RGui控制台提示，如果相关包都安装成功，则 R 内核可以正常使用。

• 目录对应关系

  • IRkernel (Everything 工具搜索)路径
    • D:\ProgramData\Anaconda3\Lib\R\library
  • RGui 路径
    • D:\ProgramData\Anaconda3\Lib\R\bin\x64\Rgui.exe

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δ 测试代码

•   install.packages('ggplot2')  # 安装 ggplot2 包
    install.packages('WDI')  # 安装 WDI 包
    
    options(repr.plot.width=7, repr.plot.height=5)
    library(WDI) 
    library(ggplot2)
    
    # 获取数据
    
    dat <- WDI(indicator='NY.GNP.PCAP.CD', 
              country=c('CL','HU','UY'), start=1960, end=2012) 
    p <- ggplot(dat, aes(year, NY.GNP.PCAP.CD, color=country)) + 
               geom_line() +
                xlab('Year') + 
                ylab('GDI per capita (Atlas Method USD)') +
                labs(title <- "GNI Per Capita ($USD Atlas Method)")
    p
  

• 测试效果
  

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ε 补充

• 列出所有已安装包

  pkgs <- sort(.packages(all.available = TRUE))
  length(pkgs)
  pkgs
  

• 安装 XXX 包并自动安装依赖包
  • 方式 1

    install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
    

  • 方式 2

     install.packages("ggplot2", repos="http://cran.rstudio.com/", dependencies=TRUE)
    

  • 方式 3

     # 通过如下命令设定镜像
    options(repos = 'http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/')
    # 查看镜像是否修改
    getOption('repos')
    # 尝试下载R包
    install.packages('ggplot2')
    

• 注释
  • 差点儿就删除重装了，一开始真闹心，Windows 10 下搜索出来好多个 R，不过 还好最终锁定了 IRkernel 下的 R，铜鼓 RGui 安装对应包后，问题得到了有效解决。
  • 通过 eclipse 进行 R语言的开发， 有点儿闹心，甚至有了想放弃学习 R 语言的念头，不过通过 Jupyter 进行R 语言开发感觉容易很多。
  • 作为开发者，真心不能固步自封，不然很容错过太多太多有意思的事情！