- 博客(43)
- 收藏
- 关注
RSS订阅转载 VASP计算二维材料的载流子迁移率（Mobility calculation notes for 2D materials using VASP code）
载流子迁移率通常指半导体内部电子和空穴整体的运动快慢情况，是衡量半导体器件性能的重要物理量。2004年，石墨烯的成功剥离引起了研究人员对于二维材料性质探索的浓厚兴趣。石墨烯、黑磷等二维材料展现出的高载流子迁移率是其中的一个重要研究课题，科研人员在理论计算方面已经做了大量的工作。由于电子在运动过程中不仅受到外电场力的作用，还会不断的与晶格、杂质、缺陷等发生无规则的碰撞，大大增加了理论计算的难度。
2025-06-11 16:57:51
13
原创 介绍QVASP在表面吸附计算中的一个小技巧
就可以把所有的文件夹里的OUTCAR读取出来，把能量和是否收敛也print 出来，最后，把最低和最高的能量文件夹给出来。如果前面的列表能够按照能量大小顺序进行一个排序就更好了。计算表面吸附分子体系的时候，我们会构建一个表面，然后把分子放在这个表面上的不同位点上，构建出一系列的结构，然后提交到VASP里面去计算，最后我们需要找到最低能量结构的吸附结构，然后再做进一步的分析使用。比如我计算一个MoN（200）面上吸附一个H2分子，根据不同的吸附位点，有很多不同的吸附构型，把他们都计算了出来。
2025-06-05 19:07:51
270
原创 推荐一个dos仿真器(ConEmu)
绝大多数敲命令的工作都在Linux里进行了，但是要完全摆脱Windows还是不太现实的，有时候难免会用下DOS，有些python，java的开发还是会在windows下进行。可以发现，并没有notepad++的路径，我的notepad++安装在了D:\Program Files\Notepad++这个路径。这里还有两个小问题，在Linux里面我们习惯用ls命令来查看文件的目录，但是在dos里面试dir命令，非常不习惯。再试一下，直接输入notepad++，或者输入 notepad++ test.py。
2025-06-05 19:04:56
309
原创 VASP 固定POSCAR中部分原子的四类方法
POSCAR文件中原子的固定是一件很小的事情，但可以看出随着大家不断的使用，它的操作模式也经历了很大的变化，从最初的笨方法，到现在有很多方便的方法可以选择，大大的提高了我们的工作效率。相信随着各种脚本和程序的推出，以前很多“笨”方法慢慢都会被淘汰，是我们所有人都变得更聪明了吗？也不是，是有一些聪明、勤奋又爱分享的人，让很多操作变得越来越“傻瓜”，于是我们大多数人也变得“聪明”起来。
2025-06-05 18:45:25
872
原创 【VASP实用脚本】 Materials Studio一键获取POSCAR（可固定原子）的方法
我使用一个非常常见的Anantase TiO2的（001）表面上，吸附一个CO分子为例。（具体如何切面，如何固定原子，在这就不赘述了，有很多教程）最后留个小问题：为什么用perl脚本，这个脚本又是怎么判断这个原子是否固定，并在后面标注F和T的呢？有兴趣的同学可以想一想。将Material Studio中建立的后缀名为xsd的文件直接转换为可供VASP使用的POSCAR。将xsd2pos.pl脚本拖拽到你想要转换的xsd文件的文件夹下。改名，在脚本中把要转换的结构文件的名字改过来；武汉理工大学赵焱课题组。
2025-06-05 18:28:40
207
原创 VASP构建表面结构（slab）如何固定部分原子（POSCAR）的简单方法（已淘汰，供怀旧使用）
10、在降序排列的sheet1里，在最外层的Ti原子（z坐标为0.461259991）的后面几列写入T T T，下拉填满，对于其他的写入F F F，下拉到底。同理，最外层有两层O原子，在sheet2中，在第一行写上，T T T，然后下拉到0.446859986所有的行，对于其他的则写入F F F，下拉到底。11、这样我们就把原子坐标都固定好了，将sheet1和sheet2的所有坐标合并到一起，然后copy到原来的*.vasp文件中去，就大功告成了，熟练的情况下，只需要5分钟左右就可以搞定一个坐标文件。
2025-06-05 17:14:18
403
原创 关于科研用linux发行版的一些看法（或建议）
理论计算，许多程序或者脚本都是在Linux下编译运行的，超算上的Linux环境，毕竟一般的用户权限不够，也不能随便乱试，更新编译个新软件不是那么方便，还是有必要在自己的电脑上装一个linux操作系统。对于普通的科研人员来讲，都不是职业的程序员工程师，只是希望有一个稳定、方便、友好的Linux环境，顶多进行一些特别小规模的开发。Linux发行版琳琅满目，科研人员应该选择一个什么样的Linux发行版呢？
2025-06-04 11:21:06
336
原创 Co(N5)2(H2O)4·4H2O 全氮阴离子金属盐 cif 文件 csd 432489
PHAC[(N_5)_6(H_3O)_3(NH_4)4Cl]的合成之后，全氮阴离子研究领域取得的又一次重大突破。为了便于感兴趣的老师和同学进行第一性原理研究，现制作了一个文中材料的cif文件供大家参考使用，晶体库中找不到。南京理工大学化工学院胡炳成教授（通讯作者，第一作者为其指导的博士研究生章冲）在国际顶级期刊。发表论文报道了首个全氮阴离子。上报道首个室温稳定的全氮阴离子。的合成方法，这是继今年。
2025-06-04 10:59:29
248
原创 2025材料理论计算相关的学术会议分享
主办单位：中国科学院物理研究所、中国科学院长春光学精密机械与物理研究所、中国科学院大学。会议名称：2025年材料多尺度计算模拟国际会议(ICM3-2025)召开时间：2025年10月17日-10月20日（周五至周一）召开时间：2025年4月25日-4月28日（周五至周一）召开时间：2025年9月14日至9月19日（周日-周五）召开时间：2025年7月30日-8月1日（周三至周五）召开时间：2025年8月29日至9月1日（周五至周一）召开时间：2025年10月19日-23日（周日至周四）
2025-06-04 10:38:59
1070
原创 Linux如何删除除了某个文件之外的所有文件/目录
想保留一个文件夹里的几个文件，其他的好多文件想都删除了，于是就在网上找了找方法，发现有一个最靠谱而简单，分享给大家一下。如abc文件夹下有a、b、c三个文件，如何一行命令删除b和c,不删除a。有位童鞋在工作经常有此需求，本文将介绍其他童鞋提供的实现方法。
2025-06-03 19:10:05
105
原创 作业提交系统Torque个人安装
PBS是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。下面是安装torque的过程。
2025-06-03 18:21:10
877
原创 删除VASP目录下的WAVECAR文件
VASP程序用多了，经常目录下会留下不少的WAVECAR,CHGCAR等文件。如果不用的话，占用很大的磁盘空间。下面这个Linux命令会删除你所在目录下所有的WAVECAR文件，请慎用！这样VASP就不会输出WAVECAR和CHGCAR文件。
2025-06-03 15:46:30
217
转载 VASP 5.4.1+VTST编译安装（中科大-李会民）
VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的过渡态工具，可以免费获取：http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html。里面还有VTST Scripts: vtstscripts.tgz，安装时不需要，使用时需要。VASP及VTST安装无需root权限，普通用户即可安装。
2025-06-03 15:38:12
30
原创 LAMMPS编译-by fatcharm（肥超）
2007年，曾写过《lammps学习指南》，反响不错，颇为欣慰。LAMMPS的发展可以说是日新月异，相比三年前，更是有了很大的变化。结合RCS的发行，我想再写一个连载，题目暂定做《LAMMPS Step by Step》。只所以想写这样一个连载，仅仅是对于自己使用LAMMPS的一个总结，其中的大部分内容，来自LAMMPS手册、mdbbs上【LAMMPS】版的讨论，以及平时跟网友的交流。使用LAMMPS遇到的任何问题，不能依赖别人，查阅手册是王道。提问之前，请阅读RCS第1期中的《你是合格的菜鸟吗？
2025-06-03 15:12:47
1023
原创 杂谈k点的设置
如果你有一个晶胞（或超胞），写成POSCAR，然后用v2xsf (http://nano.tu-dresden.de/~jkunstmann/software.html)这个程序（放入linux搜索路径下就成为命令）把他转化成*.xsf文件，然后就可以直接用xcrysden --xsf *.xsf来打开这个结构了。（3）（0.5,0.5,0.5），自然就是（1/2，1/2，1/2），而不是（1，1，1）在简单立方中表示顶点R，这是以基矢长度为单位的。没有固定的顺序，但是都是对的。
2025-06-03 14:23:43
603
原创 vasp的输出文件解读--OUTCAR
当ISMEAR等于其他的值时，Free energy TOTEN是与energy without entropy是不相等，则用。对呈现金属性的体系，费米能级就是该体系的真实（具有物理意义的）费米能级。在计算体系的结合能时，体系的总能取为energy without entropy后面的值。第一行给出体系的体积分别以Å3/atom, a.u.3/atom为单位给出的。上一行中第一个数就是体系的费米能级，第二个数就是体系的总价电子数。第二行给出体系的体积是以Å3/unit cell为单位给出的。
2025-05-31 11:57:19
176
原创 vituralbox安装
VASP计算不同磁状态的方法：顺磁采用ISPIN=1进行非自旋极化计算；铁磁用ISPIN=2并统一设置磁性原子MAGMOM；反铁磁需扩大晶胞并设置相反MAGMOM值，通过能量比较确定基态；亚铁磁类似反铁磁但磁矩绝对值不等。非共线磁矩需要指定x,y,z分量。例如Mn-Cu(001)反铁磁计算时，设置两个Mn原子大小相等、符号相反的MAGMOM即可。
2025-05-31 11:41:32
126
原创 如何用VASP计算单个原子的能量和能级
摘要：本文通过VASP软件计算氢原子能量，比较了不同计算方法的结果。采用LSDA近似时，氢原子能量为-12.92eV；引入自旋限制(ISPIN=2)后，能量提高约0.88eV；改用GGA赝势后，计算结果更接近理论值-13.6eV，达到-13.67eV。文章还讨论了计算参数的设置，包括单K点采样、INCAR文件配置等，并指出由于使用赝势，对所得能级的解释存在困难，欢迎讨论。
2025-05-30 21:53:42
382
原创 去除INCAR中的^M字符
近期帮朋友做个测试，用他给我的INCAR，提交到GPU节点会有如下报错，提交到CPU节点没啥问题。有可能是他在Windows环境里编辑过INCAR文档，直接传到服务器上的缘故。用vi看下INCAR文件，都是一些常规的选项，没有什么特别的。但是OUTCAR里发现有好多的^M字符。使用命令：dos2unix INCAR。的确有不少^M，NEDOS后面就有。Linux下去掉^M的四种方法。再提交就没啥问题了。
2025-04-01 10:57:11
184
原创 毕业论文+公式提取+文本提取+参考文献技巧
1. 公式提取比如我要提取一维薛定谔方程的公式：只需要把公式的图片copy，粘贴到网站，右侧即可出现公式的latex版和word版，根据需要复制即可。如果还需要编辑，可以使用在线的latex公式编辑器（修改完成也可以导出到需要的文档中。2. 文本提取比如我想提取下图中的文字。用微信截图功能。点击文本提取，即可从图片中将文本提取出来。3. 参考文献。
2025-04-01 10:42:54
582
原创 Virtualbox安装Ubuntu18.04笔记
先sudo apt-get install build-essential，把gcc安装了。，最重要的一步是在以root用户编译那个文件。
2025-04-01 10:23:39
307
原创 VASP计算不收敛的解决方法
关于VASP计算不收敛的解决方法，有些帖子已经总结的很好了，可以根据自己遇到的情况直接拿来用。如果把这些方法都用了还是不行，恐怕是你的结构本身问题较大了。1. 帖子1：解决VASP计算SCF/几何优化/过渡态不收敛的方法总结2. 帖子2：关于VASP计算不收敛的一些实例与解决办法3. 官方：Difficult to converge systems。
2025-04-01 09:11:58
695
原创 VASP计算过渡态(CI-NEB)初始结构生成脚本汇总
使用VASP计算过渡态，最重要的步骤就是在得到了初态和末态结构之后，进行反应路径的插值，插值的优劣直接关系到后面的过渡态搜索的难易。
2025-03-29 18:24:02
1156
原创 VASP计算中ISMEAR取值的官方注意事项
VASP进行计算时，ISMEAR选项是一个比较重要的参数，关系到能量的计算准确性，缺省值为1，并不能适合所有的情况。
2025-03-29 18:11:10
467
原创 推荐Sumatra PDF+欧陆词典组合阅读PDF文件
Sumatra PDF适应一些快捷键以后，还是挺好用的。还可以根据自己的需要，进行一些定制。体机小+速度快+无广告+免费。
2025-03-29 18:03:00
294
原创 PDFgui安装问题
PDFgui is a convenient and easy to use graphical front end for the PDFfit2 refinement program.但是我测试的会报错。试了更高版本的，也有错误，虽然不一样。所以用3.10就好。
2025-03-29 17:49:49
302
原创 ase test出现numpy版本报错
ase的安装ase是理论计算过程中常用的python包（一般利用来安装。安装完ase 以后，运行ase test。是一个numpy的报错。解决方案1、通过pip list命令，发现numpy安装的是最新的版本2.1.2。2、到找一个历史版本，比如1.*的版本。3、把原来的numpy卸载掉，安装一个版本的然后再运行ase test就可以通过了^_^
2025-03-29 17:44:52
153
原创 文献管理软件-Endnote、mendeley、Zotero 或者其他？
所以X7 X8 X9的用户要不要用，看自己的喜好喽，X7的用户升级到8或者9，体验差别不大。如果在Linux系统，或者基于Debian或Ubuntu的国产网信系统上也要用的话，Endnote可以通过新建不同的Library，独立的管理不同方向的文献集。Endnote虽然收费，但有非常多的高校、研究所的图书馆都已经买了正版，Mendeley的特长是基于云端，如果只是用本地功能，不如其他的体验好。Zotaro免费，笔记功能强大，有很多好玩好用的插件和自己的社区。还是会发挥很大的作用，建议使用。
2025-03-29 17:09:23
603
原创 阅读caj文件的轻量化软件-标准阅读器
知网的毕业论文一般都是caj格式的，cajviewer比较大，打开文件有点卡，有的版本右上角还有个广告。推荐知网有个轻量化的软件–标准阅读器，只有30多M，打开caj文件很快。
2025-03-26 09:20:14
230
原创 Virtualbox7.0以上版本安装报错：Invalid installation directory
virtualbox7.0以上版本，如果想改变一下安装目录，比如安装D盘，会出现报错无法安装。官方给出了相应的解决方案：https://www.virtualbox.org/manual/ch02.html#install-win-installdir-req。
2025-03-26 08:50:14
530
原创 【Latex编译器推荐（面向初学者或者懒得折腾的朋友，主要针对windows用户）】-Markdown编辑
大家平时用的最多的排版工具想必就是Microsort的Word或者WPS了，所见即所得，Latex是另外一种排版工具，需要编译才可以生成pdf。相信大家在投稿的时候，会发现很多杂志都提供的tex template。至于Latex好还是word好，这个已经有很多讨论了，不在此多讨论。简单说下，Natue Science不会因为你是word还是latex排版拒绝你。Latex的主要优势是：如果Latex命令掌握非常熟练，在排版公式非常多的论文或者书籍时，比word要快速、稳定、美观的多。
2025-03-25 13:01:55
1381
Co(N5)2(H2O)4·4H2O 全氮阴离子金属盐 cif 文件 csd 432489
2025-06-04
Co(N5)2(H2O)4·4H2O 全氮阴离子金属盐 cif 文件 csd 432489
2025-06-04
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人