如何用python实现蛋白质磷酸化位点的搜索

小白最近做磷酸化实验，进行蛋白多序列比对的时候发现NCBI BLAST中多序列联配不是很准确，于是参考python，编写了一个找特定磷酸化位点的程序。

#!coding:utf-8
import re    #导入正则表达式模块
motif = input('Please input motif:')  #输入磷酸化位点
regexp = re.compile(motif)  #运用正则表达式搜索motif
seq = input("Please input protein sequence:")  #输入蛋白序列
all = regexp.findall(seq)  #寻找所有的匹配
iter = regexp.finditer(seq)  #找到所有匹配并返回迭代器形式
list = []  #建立空列表
for s in iter:  #用for语句输出
    num = (s.start()+1) #由于s.start（）从0开始说以真正位点要加1
    print(str(s.start()+1)+' '+s.group())