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RSS订阅原创 利用Pymol计算蛋白质相互作用位点
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、安装pymol二、代码总结前言利用Pymol，寻找PDB文件内的相互作用位点信息。一、安装pymol网上有很多安装pymol的教程，大家可以搜索一下看看。安装开源版的二、代码from pymol import cmdimport osclass PDBparase(): def __init__(self,pdbid,pdbfilepath,out_path=os.path.abspath('..
2022-04-28 07:42:22
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原创 在python平台上利用pymol来查找PDB文件中蛋白质的相互作用位点
在python平台上利用pymol来查找PDB文件中蛋白质的相互作用位点最近要做一些关于蛋白质结合位点的实验，查阅了很多篇文献，大多数都是关于如何定义结合位点的，却没有说明该如何去找结合位点。大多数都是说从PDB库中下载蛋白质结构数据，但是却没有说下载过数据之后该怎么做。偶然间从论坛上看到利用pymol软件可以解析PDB文件中的原子坐标，也可以查找选中片段范围内的氨基酸，比如3.5A内的氨基酸。经过半个多月的摸索，发现可以直接在python上利用pymol包来找结合位点。下图是利用pymol来找结合位点
2020-08-23 21:03:31
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空空如也
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