Peiqi.-优快云博客

原创空间转录组共定位分析的一种方法

主要是利用了Seurat’里面AddModuleScore函数。最后通过HIGH-HIGH的spot所占cluster/区域的百分比，来统计比较不同区域之间某种特征细胞占比分布。

2022-06-21 10:44:22 1349

DSP分析之热图绘制library(pheatmap)library(ggplot2)library(tidyverse)library(plyr)library(readxl)library(reshape2)library(ggpubr)getwd()#数据预处理```rraw_data <- as.data.frame(read_excel('E:/page/GeoMx_DSP/MY_DSP/GroupB/DSP_ICB_GROUP.xlsx',sheet = 'raw

2022-03-07 15:52:17 534

原创 2021-06-05

lasso regression 模型rm(list = ls())library(data.table)library(caret)library(glmnet)# 该包的glmne函数用来做lasson回归library(survival)library(pROC)library(base)library(plyr)# 1.0读取数据mydata <- read.csv(file = "mydata.csv")mydata <- mydata[,-1]# 1.1处

2021-06-05 15:32:38 480

原创 logistic regression在R中实现案例

rm(list = ls())install.packages("AER")library(AER)library(survival)library(ROCR)data(Affairs,papackage = "AER")mydata <- Affairssummary(mydata) affairs gender age yearsmarried children religiousness education

2021-05-31 17:10:43 572

原创 TSNE绘制及ggthemeassist的使用

TSNE绘制及ggthemeassist的使用# 加载包library(Rtsne)library(ggplot2)library(ggpubr)library(ggThemeAssist)#首先安装该包，之后再在Rstudio界面中点击addinslibrary(showtext)showtext.auto()show_point_shapes()#Examples# 使用示例数据iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates

2021-05-22 16:58:47 500

原创气泡图绘制代码

library(ggplot2)library(RColorBrewer);covid.kegg <-down_immune_kk dim(covid.kegg)covid.kegg <- covid.kegg[order(covid.kegg$Count),]#####p1 <-ggplot(data = covid.kegg,mapping = aes(x = Pathways, y = GeneRatio,size = Count)) + geom_point(ae

2020-08-07 21:33:37 1057

原创 GSEA基因基富集分析

###GSEA富集分析中，不需要提取差异基因，只需要将所有基因的表达情况按照一定顺序排列（一般按log2FD）之后根据对照组和实验组中所有基因在红色（蓝色）富集，从而得出对照组或者实验组所富集到的通路。因此，GSEA分析可以很有效的避免基因过滤从而导致一些基因被筛除掉。library(DO.db)require(DOSE)library(clusterProfiler)library(AnnotationHub)library(readr)library(pheatmap)library(ti

2020-07-25 11:08:52 3027 1

原创 GO富集分析R代码

library(AnnotationHub) #library导入需要使用的数据包library(org.Hs.eg.db) #人类注释数据库library(clusterProfiler) #做富集分析library(topGO) #做GO图library(pathview) #看通路的library(Rgraphviz) #将上面包连接使用的######该文件包含数据只需要一列基因名称即可#GO分析DEG <- read.csv(file.choose(),sep = “\

2020-07-25 11:01:06 3687 1

原创相关性表达分析及绘图

1、加载数据，加载包library(pheatmap)##加载包ave <- AverageExpression(breast)对聚类之后的细胞进行平均表达分析average_sct <- as.data.frame(ave$SCT)###对归一化后的数据进行相关性分析cor_ave <- cor(average_sct)###cor（）函数处理cor_ave <- as.matrix.data.frame(cor_ave)####对平均表达之后的细胞进行矩阵化分析

2020-06-03 18:32:06 4508

转载 ggplot2的一些有用的绘图案例

本文转自《R友舍》公众号，关注R友舍，后台回复ggplot2，获取全文代码什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传...

2020-06-01 21:57:57 2912

转载 R基本绘图实例

画图例子R Graph Cookbook例子 From：http://www.dataguru.cn/article-1766-1.html今天突然找到一本专门教授R语言绘图的书，R Graph Cookbook，发现还不错。当初喜欢上R语言就是因为它绘图特别好看。下面把这本书的内容，经过我学习后，翻译并贴上了吧。（我水平还不够，原创还不行呀，不过学习就是先模仿再创新的过程）之所以要贴到博客上来，我是怕有一天我也忘记了，好直接到我博客上来搜索一下，同时也方便了别人。下面说的是用R语言绘.

2020-06-01 09:47:48 2566

原创 R绘图的图形布局，画布布置函数

对后续的绘图参数进行修改和定义par(no.readonly = TRUE).1、在一张画布上进行多张图谱的绘制par(mfrow =c(2,2))2、layout（）layout(matrix(c(1,1,2,3)),2,2,byrow = T)##其中1,1,2,3分别指的是我们想要绘制的第几个图形。后面的2,2分别值得是几行几列的位置。3、widths 和heightswidths（）可以控制图形宽度，heights函数可以控制图形的高度4、进一步精细控制图形参数opar <-

2020-06-01 09:27:51 5322

原创 R绘图--参考线、图例、次要坐标轴

1、次要刻度线需要包hmisc```pythoninstall.packages("Hmisc")library(Hmisc)plot(1:10,1:10,type = "c")minor.tick(nx = 2,ny = 3,tick.ratio = 0.5)``2、参考线abline（）abline(h = value, v = value, lty = value,col = "xxx"3、添加图例legend()...

2020-06-01 09:09:37 1229

原创 R绘图的文本大小，字体字号，字样，图形边界设置及坐标轴

用于指定文本大小的参数cex：表示相对于默认大小缩放倍数的数值。默认大小为1，1.5表示放大为默认值的1.5倍。0.5表示做小为默认大小的0.5倍。cex.axis：坐标轴刻度文字的缩放倍数。类似cex。cex.lab：坐标轴标签（名称）的缩放倍数：cex.main：标题的缩放倍数。cex.sub：副标题的缩放倍数。用于指定字体、字号、字样的参数font：整数。用于指定绘图使用的字样。1 = 常规，2 = 粗体，3 = 斜体，4 = 粗斜体， 5 = 符号字体（以adobe符号编码表示）*

2020-06-01 08:41:38 45032

转载 order函数的简单使用

a <- c(5,4,3,2,1)b <- c(1,2,3,4,5)c <- cbind(a,b)c[order(c[,1]),] #按第一列递增排序转载https://blog.youkuaiyun.com/illfm/article/details/15218349

2020-05-23 10:48:34 3793

原创 linux一些小经验1-8

1\ 如何安装后缀为tar.gz的文档？首先我们下载安装包，后缀是tar.gz的文件，一般都会直接到Downloads这个目录下。这个时候打开命令行窗口，然后用cd切换到该下载目录底下mkdir创建一个新的目录，然后把安装包用mv命令移动到目录下。cd切换到这个目录下，然后tar -zxvf 文件名.tar.gz，这个命令就可以解压安装包如下图展示然后我们用mv来移动一下这个目录，权限不够的时候需要用sudo，这个时候查看一下成功移动过去了，安装就完成了。2\ 使用U盘复制大文件时候提示文件过大

2020-05-23 10:37:00 256

原创 R如何完成数据框的转置操作

R如何完成数据框的转置操作以软件自带的数据集iris为例before <- head(iris)after <- t(before)这就好了。

2020-05-22 22:39:46 34649 1

peiqi_luffy的博客

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