Amber分子动力学模拟

最新推荐文章于 2025-03-18 06:26:42 发布
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文章标签： linux 运维 服务器
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本文深入探讨了Amber分子动力学模拟在科研中的应用，涵盖了模拟的基本原理、设置步骤以及在Linux环境下如何进行高效运算。通过实例解析，详细阐述了如何在服务器上部署和运行Amber模拟任务，为科研工作者提供了宝贵的参考资料。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

文章来源公众号：“科研讨论圈”

第一天

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课时内容

主要知识点

第一天

上午
  • 分子动力学入门理论

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
  1. 分子力学简介
    1. 分子力学的基本假设
    2. 分子力学的主要形式
  2. 分子力场
    1. 分子力场的简介
    2. 分子力场的原理
    3. 分子力场的分类及应用
  1. 分子动力学
    1. 分子动力学流程
    2. AMBER中的分子动力学模拟
  1. 结合自由能计算
    1. 结合自由能计算方法简介
    2. MM/PBSA结合自由能计算原理

第一天

下午
  • LINUX入门

教学目标：掌握数值计算平台，熟悉计算机语言。
  1. LINUX 简介
最低0.47元/天 解锁文章
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分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_模拟结果分析与可视化
kkchenjj的博客
10-24 1425
对于更复杂的分析任务，可以编写自定义的分析脚本。以下是一个使用 Python 和MDAnalysis# 导入MDAnalysis库# 加载拓扑和轨迹文件# 选择Cα原子# 计算RMSDrmsd = []# 绘制RMSD时间序列图plt.show()代码解释：导入MDAnalysis库。：加载拓扑文件和轨迹文件。：选择Cα原子。：遍历轨迹文件的每个时间步。：计算Cα原子相对于初始构象的RMSD。：绘制RMSD时间序列图。：设置图形的轴标签和标题。plt.show()：显示图形。结构稳定性。
分子动力学仿真软件：AMBER_（1）.AMBER入门与基础理论
kkchenjj的博客
03-07 927
AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）是一款广泛应用于生物分子体系的分子动力学模拟软件。它包括了一系列的工具和程序，用于构建分子模型、优化能量、进行动力学模拟以及分析模拟结果。分子动力学模拟是一种强大的工具，可以提供关于分子结构、动力学、热力学性质以及反应机理的详细信息。AMBER软件包提供了从模型构建、能量优化、动力学模拟到结果分析的完整流程。通过合理设置输入参数和选择合适的分析方法，可以有效地研究生物分子体系的复杂行为。
amber分子动力学模拟干货总结
Angus_1的博客
07-16 1941
AMBER软件安装运行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA方法结合自由能计算、另配合专业案例及经典文章案例复现 分子动力学入门理论 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 分子力学简介 分子力学的基本假设 分子力学的主要形式 分子力场 分子力场的简介 分子力场的原理 分子力场的分类及应用 分子动力学 分子动力学流程 AM
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。
Amber进行分子动力学模拟以及计算mmpbsa
qq_43164247的博客
02-21 3135
使用amber进行分子动力学模拟，并且使用mmpbsa模块进行氨基酸残基自由能分解
使用AMBER跑分子动力学模拟
imqyt的博客
12-07 1059
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
MurphyStar的博客
10-08 6170
基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟
Amber分子动力学模拟的cudaMemcpy GpuBuffer错误的解决
Litedg的博客
04-17 2652
AMBER分子动力学模拟的一个GpuBuffer错误设备、软件版本、模拟条件报错状态寻找错误原因解决方案后记 在用GPU算Amber分子动力学模拟的时候总是遇到一个错误 cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered 查找了很多资料，发现丢出
生物分子仿真软件：AMBER_（6）.分子动力学模拟流程
最新发布
kkchenjj的博客
03-18 650
分子动力学模拟是研究生物分子系统行为的强大工具。通过AMBER进行分子动力学模拟，可以从分子结构的获取和预处理，到拓扑文件和坐标文件的生成，再到模拟参数的设置和模拟运行，最后进行结果分析和验证。每个步骤都至关重要，需要仔细设置和验证，以确保模拟的准确性和可靠性。
【生信操作】使用 Amber20 运行蛋白质-小分子复合物的分子动力学模拟
Aurora_i的博客
11-26 2146
本博文介绍了如何使用 Amber20 进行蛋白质-小分子的分子动力学模拟
分子动力学软件Amber18说明书
11-19
国际分子动力学软件Amber18，说明书。集成了GPU加速模块
amber 分子动力学
01-12
amber 分子动力学关于金属的，包括金属的处理以及金属动力学教程-总结，可以作为入门指导，
分子动力学软件amber的权威网上教程pdf版
06-22
amber workshop tutorial(适用版本8-9) 分子动力学模拟软件amber的一个比较官方的教程，非常辛苦的从网上把一个个页面download下来后整理生成为pdf文件，感兴趣的童鞋可以拿去打印出来看，比在线一边看一边操作要省力。同时作为资料保存也不错。
分子动力学模拟AMBER参数意义
qq_39369623的博客
10-01 2015
amber各参数意义
amber软件的分子动力学模拟步骤
基博的博客
09-17 3599
跑一个没有非标准残基的配体，蛋白的加溶剂体系，从准备文件到完成成品模拟大概需要做什么，都记录在这里
AMBER--分子动力学
y2715163545的博客
11-20 571
可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性等。从AMBER程序入门，安装自己的AMBER可执行程序开始，依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算及增强采样方法、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现。(a) umbrella sampling的原理(b) umbrella sampling的。12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_基本分子动力学模拟流程
kkchenjj的博客
10-24 1644
力场参数是分子动力学模拟中的关键部分，它描述了分子之间的相互作用。AMBER支持多种力场，包括蛋白质、核酸、小分子等的力场。假设我们有一个小分子，需要使用gaff力场进行参数化。# 创建Leap输入文件 cat > small_molecule.in << EOF# 加载小分子文件# 加载小分子的力场参数# 添加氢原子# 保存拓扑文件和坐标文件quitEOF # 运行Leap tleap -f small_molecule.in系统准备构建分子模型定义力场参数设置模拟环境模拟参数设置。
AMBER分子动力学简例（一）
hdpai2018的博客
07-22 661
来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Wuy8NZNBWbJTNLwNHhw8Fw AMBER分子动力学 概述 以下是使用AMBER包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。 AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编的，程序很
分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
pang0416的博客
03-18 3848
以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。
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