以<SegVol>为模板研究一篇论文的写作模式及方法内容

Abstract

体积图像分割的意义(做这个事情的意义)。目前针对这个事情/方向的局限性,所以提出了自己的创新点<SegVol>,简单描述这个模型,并给出分割结果。

如果有比目前主流模型高的多的得分,可以在这个写上。最后给出github地址。

1 Introduction

阐述体积图像分割目前的应用领域及现有解决方案。阐述现有解决方案的局限性。克服局限性,引入了我们的模型,简要概括模型并给出模型的主要特性

讲解对模型的验证(通过几个不同的数据集),给出评分(可添加一些实验比如烧蚀研究来验证放大放大机制的有效性)。

图1 模型架构(配文讲解)

表1 对于19个数据集使用五种类型的标签进行分割,并得出最终平均准确率

2 Results

目前图像分割面临的挑战。提出<SegVol>这个模型,利用这个模型得到了xxx的结果,引入了xxx创新点,其中用到了xxx数据集来进行这个实验,对模型进行评估分析。

2.1 Dataset Exploration

解释数据集的来源,具体数量和内容。

在训练和测试中,我们使用了xxx数据集(具体数量),使用了xxx方法对数据集进行预处理,使用xxx方法进行模型的预训练。

具体分析数据集,包括mask标签。

详细解释在训练和测试的过程中,数据集和测试集的比例,使用Dice score作为度量标准。具体解释DSC。

图2 数据集在人体的分布、饼图以及数据集切片

表2 【对比试验】使用不同模型在不同的器官上分割的dice score

2.2 Segmentation Results of Major Targets

对表2中的的数据进行分析

2.3 Performance Comparison with Baseline Models

需要一个基线模型进行对比。这篇文章使用nnU-net作为基线模型,该模型在传统的医学体素图像分割模型中表现出最强的分割能力。

SegVol分割这些具有挑战性的病变的能力明显优于nnU-net。

表3 三个病变数据集在基线模型和SegVol上的dice score

分析数据集分割结果,并给出使SegVol显著优于传统模型的因素。

2.4 Evaluating Lesion Segmentation Capability

评估病灶分割能力

病灶分割精准度的意义,以及针对性选择数据集作为评判标准的理由。

总之就是总结不同模型对数据集的分割结果和能力。

2.5 Ablation study


2.5.1 Zoom-out-zoom-in Mechanism

图(c)给出了一系列示例,展示了nnUnet和本文方法的病变分割性能,这些例子包括肝肿瘤、结肠癌和肺肿瘤<给出具体的数据集图片及分割后的结果>

使用了消融实验,并解释使用消融实验的好处

2.5.2 Dataset Scale

阐述数据集的数据规模大小,并说明数据规模对dice score造成的影响

3 Discussion

总结整篇文章,还是围绕SegVol这个模型,讲解该模型的优越性。

4 Method


4.1 Data Processing


4.1.1 Data Collection and Normalization

解释数据集的来源,以及为了标准化数据集做的操作和方法。

4.1.2 Pseudo Mask Generation and De-noising

伪掩码生成与降噪体分割数据集存在着严重的部分标签问题

问题现状,提出了解决方案<利用Felzenswalb-Huttenlocher (FH)[17]算法为每次CT扫描中的大多数物体生成伪掩码。>并说明FH算法

4.2 Model Architecture

传统模型对数据集分割的局限性,提出了SegVol模型,并详细解释其架构。

4.3 Training procedure

讲解训练过程,引入了创新点——点”提示,“框”提示和“文本”提示。

讲解使用到的loss function。

4.4 Zoom-out-zoom-in Mechanism

阐述使用该机制的理由

具体罗列使用了哪些方法

已经博主授权,源码转载自 https://pan.quark.cn/s/a4b39357ea24 QueueForMcu 基于单片机实现的队列功能模块,主要用于8位、16位、32位非运行RTOS的单片机应用,兼容大多数单片机平台。 开源代码:https://.com/xiaoxinpro/QueueForMcu 一、特性 动态创建队列对象 动态设置队列数据缓冲区 静态指定队列元素数据长度 采用值传递的方式保存队列数据 二、快速使用 三、配置说明 目前QueueForMcu只有一个静态配置项,具体如下: 在文件 中有一个宏定义 用于指定队列元素的数据长度,默认是 ,可以根据需要更改为其他数据类型。 四、数据结构 队列的数据结构为 用于保存队列的状态,源码如下: 其中 为配置项中自定义的数据类型。 五、创建队列 1、创建队列缓存 由于我们采用值传递的方式保存队列数据,因此我们在创建队列前要手动创建一个队列缓存区,用于存放队列数据。 以上代码即创建一个大小为 的队列缓存区。 2、创建队列结构 接下来使用 创建队列结构,用于保存队列的状态: 3、初始化队列 准备好队列缓存和队列结构后调用 函数来创建队列,该函数原型如下: 参数说明: 参考代码: 六、压入队列 1、单数据压入 将数据压入队列尾部使用 函数,该函数原型如下: 参数说明: 返回值说明: 该函数会返回一个 枚举数据类型,返回值会根据队列状态返回以下几个值: 参考代码: 2、多数据压入 若需要将多个数据(数组)压入队列可以使用 函数,原理上循环调用 函数来实现的,函数原型如下: 参数说明: 当数组长度大于队列剩余长度时,数组多余的数据将被忽略。 返回值说明: 该函数将返回实际被压入到队列中的数据长度。 当队列中的剩余长度富余...
### 医学图像分割领域2023年SOTA模型总结 在2023年,医学图像分割领域涌现了多个具有突破性性能的模型,这些模型通过不同的技术手段提升了分割的精度和效率,同时在特定任务中实现了新的SOTA(State-of-the-Art)表现。 #### SegVol:基于SAM的交互式体积医学图像分割模型 SegVol是由Du等人提出的一种交互式体积医学图像分割模型,其基于SAM(Segment Anything Model)架构。该模型通过使用空间和文本提示,支持对200多个解剖类别进行分割。SegVol通过对90k个未标记CT序列和6k个标记CT序列进行训练,在多个分割基准上显著优于SOTA方法[^1]。 #### MedNeXt:医学图像分割新SOTA MedNeXt是nnUNet原创团队于2023年推出的新作品,该模型受ConvNeXt启发,根据Transformer改进了现有的UNet架构。MedNeXt不仅改进了UNet,还改进了上采样和下采样块,提出了一个用小卷积核网络初始化大卷积核网络的方法,并设计了可以对网络在深度、宽度和感受野大小上进行复合缩放的机制。MedNeXt在四个具有代表性的医学图像处理任务上实现了SOTA[^2]。 #### PP-LiteSeg:高精度轻量级图像分割SOTA模型 虽然PP-LiteSeg主要是针对通用图像分割设计的模型,但它同样适用于医学图像分割。PP-LiteSeg在Cityscapes数据集上展示了卓越的性能,在1080ti GPU上实现了mIoU 72.0时高达273.6 FPS的速度,而在mIoU 77.5时FPS为102.6,超越了现有的CVPR SOTA模型STDC[^3]。 #### Mamba-based模型:基于Mamba的医学图像分割新SOTA 基于Mamba的医学图像分割模型通过结合CNN的局部特征提取能力和Transformer的全局上下文理解能力,更有效地处理医学图像中复杂的结构和模式。Mamba的设计允许模型在保持线性计算复杂度的同时,仍然能够捕捉到长距离的依赖关系[^4]。 ### 示例代码 以下是一个简单的示例代码,展示如何使用PyTorch框架构建一个基本的UNet模型,这可以作为进一步开发更复杂模型的基础。 ```python import torch import torch.nn as nn class UNet(nn.Module): def __init__(self): super(UNet, self).__init__() # 定义UNet的各个部分 self.encoder = nn.Sequential( nn.Conv2d(1, 64, kernel_size=3, padding=1), nn.ReLU(inplace=True), nn.Conv2d(64, 64, kernel_size=3, padding=1), nn.ReLU(inplace=True) ) self.decoder = nn.Sequential( nn.Conv2d(64, 64, kernel_size=3, padding=1), nn.ReLU(inplace=True), nn.Conv2d(64, 1, kernel_size=1) ) def forward(self, x): x1 = self.encoder(x) x2 = self.decoder(x1) return x2 # 创建模型实例 model = UNet() print(model) ```
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