Extract User Defined Region From An Chromosome Fasta File

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于 2016-12-30 09:59:35 发布 · 580 阅读

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#染色体-region #区间 #fasta

Extract User Defined Region From An Chromosome Fasta File

小麦基因组一条染色体序列至少有500M，我们想要获得染色体某一段的序列还是比较难办的。除了samtool可以做到，今天发现一个用python写的脚本pyfaidx，使用起来也比较方便。

首先安装

pip install --user pyfaidx  #安装在自己账户的 $HOME/.local/bin/faidx
sudo pip install pyfaidx #需要权限，安装在/usr/local/bin/faidx

输入命令 faidx 默认返回使用帮助

faidx
$ faidx 
usage: faidx [-h] [-b BED] [-o OUT]
             [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r]
             [-a SIZE_RANGE] [-n | -f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ]
             [-d DELIMITER] [-g REGEX | -v] [-m | -M] [--no-rebuild]
             [--version]
             fasta [regions [regions ...]]

Fetch sequences from FASTA. If no regions are specified, all entries in the
input file are returned. Input FASTA file<