CHARMM-GUI EnzyDocker: 一个基于网络的用于酶中多个反应状态的蛋白质 - 配体对接的计算平台

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"CHARMM-GUI EnzyDocker for Protein−Ligand Docking of Multiple Reactive States along a Reaction Coordinate in Enzymes"介绍了 CHARMM-GUI EnzyDocker，这是一个基于网络的计算平台，旨在简化和加速 EnzyDock 对接模拟的设置过程，用于酶中多个反应状态的蛋白质 - 配体对接 。通过整合现有 CHARMM-GUI 模块并开发新功能，EnzyDocker 实现了多状态和多尺度对接系统的一站式准备、交互式配体修改和灵活的蛋白质残基选择等功能。作者通过对二氢叶酸还原酶、SARS-CoV-2 Mpro 和二萜合酶 CotB2 三个酶系统进行对接模拟，展示了 EnzyDocker 的可靠性。
原文地址：https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.4c01691

1. 作者信息

第一作者：Donghyuk Suh，美国利哈伊大学生物科学系，主要研究方向为基于分子模拟的酶催化机制研究以及相关计算工具的开发与应用，参与开发 EnzyDocker 用于酶-配体多状态对接研究。

通讯作者：

• Dan T. Major，以色列巴伊兰大学化学系、以色列国家储能研究所、纳米技术与先进材料研究所，研究方向包括酶催化机制的理论计算、基于结构的药物设计以及开发新型计算工具用于生物分子模拟。

• Wonpil Im，美国利哈伊大学生物科学系，研究聚焦于利用分子动力学模拟研究生物分子的结构与功能，开发用于复杂生物分子系统模拟的计算平台。

2. 拟解决的问题

传统的蛋白质-配体对接程序未考虑基于机制的酶对接。虽然 EnzyDock 可用于模拟酶反应的多状态对接，但作为独立版本使用并不简便，需要用户进行大量预处理工作和手动设置 。因此