bedtools查找基因组位置的信息

从gencode下载注释数据gff3

我们需要的是第一列，第三列，第四列，第五列
去掉注释部分起名tt
然后使用awk 获取这些列，分隔符为空格

awk -F " " '{print $1,$4,$5,$3}' tt > GR37.annotation

由于bed文件是制表符分隔的，所以我们需要把整理好的annotation文件变为制表符分隔

awk 'BEGIN{ FS=" ";OFS="\t" }{ print $1,$2,