6、数据解析、验证与并发编程实践

milk5

于 2025-07-20 14:12:16 发布

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分类专栏： Clojure数据分析实战指南文章标签： Clojure 数据解析 FASTA

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数据解析、验证与并发编程实践

1. 自定义数据格式解析

在处理数据时，有时会遇到没有现成库支持的数据格式，这时就需要编写自定义解析器。Clojure 及大多数函数式语言在解析方面表现出色，许多都有解析器组合库，使编写解析器变得极为简单。

1.1 FASTA 数据解析示例

FASTA 是生物信息学中用于交换核苷酸和肽序列的文件格式。其第一行以 > 开头，后跟唯一标识符，后续一行或多行列出序列信息。示例 FASTA 记录如下：

>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPY
IGTNLVEWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIP
FHPYYTIKDFLGLLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRS
VPNKLGGVLALFLSIVILGLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPY
TIIGQMASILYFSIILAFLPIAGXIENY

我们将使用 parse-ez 库来构建解析器。