FSL安装个人经验帖(Ubuntu18.04)——23年9月更新

个人装了几次FSL后发现还是在线安装最方便,推荐方法一

- 方法一(最好用!推荐)

这种方法关键是保证网络顺畅,我们学习室的台式机没有无线网卡,我历经了几次京东退货后,发现linux18系统能用的是比较旧的一款网卡Tenda W311M 150M。
安排好网卡后,没有python2.7可以先安装一个python

sudo apt-get install python2.7 #下载python2.7

再进入FSL官网(https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/),填写好资料后就能下载fslpython_install.py,下载好后就可以开始安装了

python2.7 [下载存放路径]/fslpython_install.py #用python2.7运行fsl的下载和安装

安装过程中看到这么一句话,提醒你指定fsl的安装位置

where to install fsl? [/usr/local/fsl]

输入你想安装的位置路径,如:

/media/mankiki/software/fsl #我的安装位置选在software分区的,这条命令会在这里新建一个fsl文件夹存放所有的组件

等待上面的命令完成没有报错就是安装成功了,可以直接跳到我后面“按照fsl官网的测试命令试试fsl还有没有啥其他问题”这部分。

若过程中fsl下载完成但安装失败(如step1完成,step2失败),输入下列命令重新安装

sudo rm -r $FSLDIR/fslpython   # 删除fslpython配置路径
sudo $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh -f $FSLDIR  # 重新安装缺失文件

例如我的:

sudo rm -r /media/mankiki/software/fsl/fslpython 
sudo/media/mankiki/software/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh 
### 安装 FSL (FMRIB Software Library)Ubuntu 18.04 为了在 Ubuntu 18.04 上成功安装 FSL,可以按照以下方法操作: #### 添加 FSL 软件源并更新包列表 首先需要添加官方的 FSL 软件仓库到系统的软件源列表中。这可以通过编辑 `/etc/apt/sources.list` 文件来完成,不过更简便的方式是利用 `apt-add-repository` 命令。 ```bash sudo apt-add-repository ppa:neurodebian/neurodebian ``` 接着下载 GPG 密钥以验证来自该存储库的数据包的真实性[^1]。 ```bash sudo wget -O- http://neuro.debian.net/lists/bionic.us-ca.full >> /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list ``` 之后刷新本地缓存以便获取最新的可用版本信息。 ```bash sudo apt-get update ``` #### 安装必要的依赖项 确保已经安装了一些可能必需的基础开发工具和库文件,比如编译器和支持多精度浮点运算的库。 对于某些情况下缺失的特定库如 `libquadmath-devel` 可能会引发错误,在 CentOS 或 RHEL 类似的环境中可通过 yum 来解决这个问题;而在基于 Debian 的系统像 Ubuntu 中,则应考虑使用 apt 工具链来进行相应的处理。 ```bash sudo apt-get install libgfortran5 ``` 注意这里选择了适合于 Ubuntu 平台上的替代品而非直接移植自 Red Hat 系列发行版中的解决方案。 #### 下载并安装 FSL 现在可以从 NeuroDebian 存储库中安全地安装最新稳定版的 FSL 应用了。 ```bash sudo apt-get install fsl ``` 此命令将会自动解析所有剩余未满足的依赖关系,并执行完整的应用程序部署过程。 #### 配置环境变量 为了让终端能够识别新安装好的二进制可执行程序以及加载默认配置参数集,建议将下面两行加入用户的 shell 初始化脚本里(通常是 `.bashrc` 或者其他类似的个人设置文件),这样每次打开新的shell窗口都会生效这些更改。 ```bash source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh export PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH} ``` 最后记得重新启动当前 session 或者运行一次 source ~/.bashrc 让改动立即起作用。
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