【RDKit】conformers 分子构象相关操作（从 smiles 创建、删除相关构象等）

一般出现下面这个报错，一般就是因为分子本身没有构象，是直接从 smiles 转换过来的。

ValueError: Bad Conformer Id

有没有可能可以从 smiles 字符串生成构象呢？有的，简单来说就这样：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem import rdDistGeom


esomeprazole = Chem.MolFromSmiles('COc1ccc2[n-]c([S@@+]([O-])Cc3ncc(C)c(OC)c3C)nc2c1')

# 获得 2d 构象
rdDepictor.Compute2DCoords(esomeprazole)  # 之后，构象就会直接出现在 esomeprazole 中

# 获得 3d 构象
esomeprazole = Chem.AddHs(esomeprazole)  # <- add hydrogens so that we get a reasonable conformer
rdDistGeom.EmbedMolecule(esomeprazole)  # 之后，构象就会直接出现在 esomeprazole 中

更加详细的用法，请直接看这篇文章：https://greglandrum.github.io/rdkit-blog/posts/2023-02-04-working-with-conformers.html