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RSS订阅原创 Ubuntu搭建计算集群
为避免依赖关系混乱，安装命令一定要统一，这里有些地方提到关于munge权限的问题，本次直接生成了用户名为munge的用户，没有将其修改为root（在这里修改/lib/systemd/system/munge.service），有些攻略提到权限问题，这里没有遇到，如若需要，可以新建一个munge的用户或修改为root用户权限。如果是单节点，即控制节点就是计算节点，将以上软件在同一节点进行安装，slurm会自动创建用户名为slurm的账户，后续可以通过登录slurm用户启动服务，这里均使用root用户来操作。
2024-02-08 17:27:08
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原创 ubuntu服务器安装Slurm
此处以单节点集群举例（单个节点既作为管理节点，又作为计算节点）NodeName=mu01 CPUs=36 State=UNKNOWN # 本行可以通过 `slurmd -C` 获取PartitionName=compute Nodes=mu01 Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP # 创建一个名为compute的队列slurmd -C$ slurm -C。
2024-01-16 15:11:57
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原创 虚拟机VirtualBox和VMware安装Ubuntu16配置静态IP
然后重启一下虚拟机就可以了。在采用以上步骤配置一台机器时，虚拟机可以ping通外网(www.baidu.com)和主机，虚拟机可以上网，主机也可以ping通虚拟机，后来又安装了另外一台虚拟机之后，两台虚拟机之间也可以互相ping通，但此时两台虚拟机均无法ping通外网，但可以上网。前一篇文章中对宿主电脑（或者称之为物理机）连接网络方式分为有线和无线分别进行了说明，如果物理机是通过有线上网，那么网卡需要使用NAT网络连接方式，如果是无线网络，那么网卡需要使用桥接方式上网，该网卡负责虚拟机的上网。
2023-12-12 12:28:43
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原创 linux配置ssh无密码登录失败的一种原因
前后面部分内容隐去，只列出这种原因，在于哪儿呢？第三步生成公钥和私钥，加密方式的选择有rsa，dsa，ecdsa，之前选择使用dsa，通过修改文件夹权限，修改/etc/ssh/sshd_config都无法解决物体。换成rsa之后，立刻问题解决，也请大家注意。5、测试ssh localhost 如果不用输入密码即可以登录。网上说的免密登录失败原因有许多基本这些文章中都提到啦，譬如。那么在这里再报一种免密登录可能失败的情况，查看日志发现。需要注意的是查询日志的地方有所不同，可能有的和我相同。
2023-12-01 17:50:22
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原创 Fortran文本字符串计算，字符串分割，字符替换
1.统计文件中字符数目integer :: iCount, iErrcharacter(len=512) :: cStriCount=0open(unit=12, file=filename)do while (.true.)read(12, '(A512)', iostat=iErr)cStrif(iErr/=0)exitiCount=iCount+len_trim(cStr)end doclose(12)write(*, *)'共包含',iCount,'个字符'2.统计一行
2022-02-25 20:09:35
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转载 将SMILES转化为结构式的工具--SMILESDrawer介绍
我们知道,要在网页中显示专业的图形, 数学公式可以使用MathJax库, 化学方程可以使用mhchem库,这两者都是Javascript代码写的程序库, 那么,如果想显示化学结构式, 是不是也有相应的Javascript库可用呢? 如果有这样的库,是不是就可以引入到Typora中让它支持化学结构显示呢?出于这个目的, 我在网上搜索了一遍,发现这样的库还真有好些个. 如1) JSME (这个很牛B, Sigma-Aldrich都在用它的库 https://peter-ertl.com/jsme/).
2022-02-25 19:10:15
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原创 Fortran在线学习网站
Fortran Tutorialhttps://www.tutorialspoint.com/fortran/index.htm
2022-01-21 12:56:50
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转载 阿鲁纳，可能改变我们对乒乓球的认知
夸德里·阿鲁纳，是西非尼日利亚乒乓球运动员，31周岁了。为了让自己的名字、其母国的名字，出现在世界乒坛尽可能高的位置上，他走南闯北、东奔西走，单枪匹马，形只影单，其一个人既是运动员，又是教练员，还兼领队后勤保障……估计他指定没有专属的训练基地，也不会有封闭训练场，更弄不起什么高层级却不计入支出的陪练。这哥们儿应该就是以赛代练，在取胜中建立信心，在战败里寻觅方向。只要留意，你就会发现，比赛中一有time out，他这边也就他自己一个人，在那独自地喝水，独自地一边擦汗、一边一脸的“茫然”，或者掂量着下一手该
2021-08-17 11:12:38
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转载 SMILES:一种简化的分子语言
一.什么是SMILES SMILES,全称是Simplified Molecular Input Line Entry System,是一种用于输入和表示分子反应的线性符号,是一种ASCII编码,下面看一些例子: SMILES包含的信息可能与一些扩展的源数据表相同,SMILES更适用的主要原因是它是一种语言结构，而不是计算机数据结构。 SMILES是一种真正的语言，虽然只有简单的词汇（原子和键符号)和少数语法规则。 SMILES结构表示可以反过来用作其他语...
2021-05-03 20:32:17
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转载 代谢物常见的ID号你都搞明白了吗？
代谢物常见的ID号有好几种，今天和大家一起来整理一下代谢物常见的ID号。首先我们列一个清单（使用频率较高的代谢物ID）：CAS Registry NumberKEGG IDPubchem CIDHMDB IDSMILESInChIInChIKey01CAS Registry NumberCAS Registry Number是我们向供应商采购代谢物的关键依据（以保障买到正确的代谢物）。CAS Registry Numberd的本质是代谢...
2021-05-03 20:18:24
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转载 Openbabel批量转换的步骤
系统win7 20160516下载并安装Open Babel，然后Windows键+R键，再输入cmd进入命令提示符进行操作，然后输入操作命令。首先进入你需要转换文件的路径，不能有中文。然后输入命令Obabel *.input format –ooutput format –O file .output format –m --gen3dInput format是要进行转换的文件的格式output format是输出文件的格式-m是让转换的文件为一对一的，不加的话转换的文件会被合并到一个文
2021-05-03 19:59:56
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转载 Python 数据相关性分析
speculatecat概述在我们的工作中，会有一个这样的场景，有若干数据罗列在我们的面前，这组数据相互之间可能会存在一些联系，可能是此增彼涨，或者是负相关，也可能是没有关联，那么我们就需要一种能把这种关联性定量的工具来对数据进行分析，从而给我们的决策提供支持，本文即介绍如何使用 Python 进行数据相关性分析。关键词 python 方差 协方差 相关系数 离散度 pandas numpy实验数据准备接下来，我们将使用 Anaconda 的 ipython 来演示如何使用 Python 数
2020-05-14 16:36:02
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转载 第一性原理计算软件攻略-利用VESTA绘制差分电荷密度图解
1. 软件介绍VESTA全称为Visualization for electronic and structural analysis. 是一款免费的可视化软件，可以帮助工作者利用第一性原理计算得到的数据制作出赏心悦目的图片。并且VESTA可以运行Materials Studio建模软件中的部分输出文件，通过VESTA和MS（Materials Studio）两款软件，可以完成第一性原理计算中...
2020-03-10 18:04:43
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转载 Mulliken电荷，来自哪里？又归于何方？
Mulliken电荷是一种计算原子partial charge（局部电荷）的方法。本来，电子是在空间分布的一团电子云，但是广大玩计算的童鞋们希望能有一种更简洁的方法来描述这种混沌不清的分布，看看谁多谁少，谁剥削了谁，因此计算原子电荷就非常流行，称为布局分析(population analysis)，通俗说，如何在原子间分割大家共同的家产。大致说先后提出了三种分割家产的思路。第一类是以原子轨道对...
2020-03-10 17:48:38
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原创 2.牛顿迭代求解二元非线性方程组
之前想通过矩阵求拟解决坐标转换（想着和截取晶体平面思路差不多），事实很快就意识到错了。遂考虑确定三个不在同一直线的特殊点确定空间，然后其他点根据到这三点的距离固定这一思路，求出其他原子坐标的准确位置，就是求解三元二次方程。非线性方程牛顿迭代是主要方法，一元多次较好解决，很顺利（得益于大学数学前两本书翻得比较透彻，多年之后印象依然深刻），主要考虑多元多次。翻了翻徐士良的书籍，又找了一本《Visual...
2018-09-18 22:47:34
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原创 1.几种简单矩阵计算的Fortran实现
为了实现分子按照特定方向转向，参考之前利用VESTA手动截取晶面并采用矩阵计算转向的方法，用fortran编写了一个实现简单矩阵计算功能的小程序，用于处理矩阵加、减、乘、除、行列式值、求逆、转置几类计算，主要是求逆和除法的实现。求逆采用了初等变换和利用伴随矩阵两种方法，但编译好的应当时默认利用伴随矩阵方法。缺点：计算种类简单，后续应参考“云算子”增加“线性方程组、特征值和特征向量、Chol...
2018-08-26 16:51:22
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多元二次非线性方程组求解
2018-09-18
简单矩阵计算的源代码
2018-09-05
简易矩阵计算器win编译版本
2018-08-26
ms使用教程及能级图的画法
2009-12-09
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