liuninghua521的博客

利用conda安装了trinity环境，然后编译安装了RSEM并加入PATH中，运行后出现报错Can't locate rsem_perl_utils.pm in @INC (you may need to install the rsem_perl_utils module)(@INC contains: /home/user/.conda/envs/Trinity/bin *****根据提示，rsem_perl_utils.pm 这个模块没有被发现，解决办法将rsem_perl_utils.pm复

conda安装的Trinity运行时提示报错Error, need samtools installed that is at least as new as version 1.3 at /home/****/.conda/envs/Trinity/bin/Trinity line 3813.按照网上的教程将samtools降级为1.3版本后仍然有报错，那就直接vim打开/home/***/.conda/envs/Trinity/bin/Trinity，定位到3813行，给他直接注释掉这个判断句，保存

出现这个情况是因为之前安装的时候，有的软件没有下载完全，因此需要先清理掉未下载好的软件再重新安装。使用：conda clean -a命令，可以清楚所有的安装包和缓存等，但也会清理掉已经下载好但未使用的；但如果我们知道是哪个包没有下载好，那我们只需要到conda安装目录下的/pkg中将没下载好的包删除掉，然后再执行一次安装命令即可。conda换源：# 添加常用下载频道conda config --add channels defaultsconda config --add channels

1 批量解压tar文件命令：for tar in *.tar.gz; do tar -zxvf $tar -C /outfiles ; done2 复制时忽略覆盖提示\cp -rf file1 file23 删除某类文件之外的文件rm -rf !(*.gz)4 后台挂起运行程序nohup 命令 > file.log 2>&1 &...

要处理一份10多个G序列数据的序列名，据说直接的linux命令是最快的，回头来复习一下这几个命令吧。什么是选取命令？就是将一段数据经过分析后，取出我们想要的或者经由分析关键词，取出我们想要的那一行。通常选取信息是针对一行一行来分析的，并不是整篇分析。**1 cut**cut命令可以将一段信息的某一段给它切出来，也就是将一行里面的数据进行分解，它是以行为单位处理数据的。常用的有两种：（1）对于有特定分隔字符的的文本，分隔后获取其第m‘区域’与n‘区域’的信息：cut -d '分隔的字符'.