Trinity结合RSEM进算表达量报错

原创 于 2022-01-05 17:32:43 发布 · 1.1k 阅读 · 1 ·
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本文讲述了如何在安装Trinity环境中遇到rsem_perl_utils.pm模块未找到的问题，通过将模块复制到指定目录并遵循RSEM官方建议来解决。同时，介绍了RSEM模块的重要性和放置要求。

利用conda安装了trinity环境，然后编译安装了RSEM并加入PATH中，运行后出现报错
Can't locate rsem_perl_utils.pm in @INC (you may need to install the rsem_perl_utils module)(@INC contains: /home/user/.conda/envs/Trinity/bin *****
根据提示，rsem_perl_utils.pm 这个模块没有被发现，解决办法
将rsem_perl_utils.pm复制到 /home/user/.conda/envs/Trinity/bin即可。

RSEM官网也提到：
If you prefer to put all RSEM executables to a bin directory, please also remember to put ‘rsem_perl_utils.pm’ and ‘WHAT_IS_NEW’ to the same bin directory. ‘rsem_perl_utils.pm’ is required for most RSEM’s perl scripts and ‘WHAT_IS_NEW’ contains the RSEM version information.

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