ANTS 配准 roi配准之个体空间

原创已于 2022-10-28 17:41:08 修改 · 1k 阅读

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#python

于 2022-10-28 17:24:14 首次发布

博客介绍了将ROIs固定标签图像重采样到指定空间的操作。使用antsRegistrationSyN.sh进行配准，添加选项指定保留标签强度的插值方式。还使用antsApplyTransforms进行变换，指定输入、输出、参考图像及变换矩阵等。

Given ROIs fixedLabels.nii.gz, to be resampled into the space of movingImage.nii.gz, we would use the same warps:

${ANTSPATH}antsApplyTransforms \
  -d 3 \
  -i fixedImage.nii.gz \
  -r movingImage.nii.gz \   
  -t [movingToFixed_0GenericAffine.mat, 1] \   
  -t movingToFixed_1InverseWarp.nii.gz \
  -n GenericLabel
  -o fixedToMovingDeformed.nii.gz

but we add the option -n GenericLabel to specify interpolation that preserves label intensities

antsRegistrationSyN.sh -d 3 -n 20 -f bo.nii.gz -m MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz -o regmni2t

antsApplyTransforms -d 3 -i mask.nii.gz -o testmask2template.nii.gz -r bo.nii.gz -t regmni2t1Warp.nii.gz -t regmni2t0GenericAffine.mat -n GenericLabel

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