工作期间查到、用到的GitHub代码

动力学模拟软件Q6，计算LIE、FEP、EVB：https://github.com/qusers/Q6
生成Q6软件模拟的小分子库文件 - qligfep：https://github.com/qusers/qligfep
Q6模拟软件的图形界面操作程序 - qgui：https://github.com/qusers/qgui
Q6模拟软件的教程 - qtutorials：https://github.com/qusers/qtutorials

pDynamo 一个开源程序库，使用QC、MM、QC/MM方法用于计算模拟：https://github.com/pdynamo/pDynamo3

qligfep 生成小分子的库文件时，需要添加Linux 学术版薛定谔软件的路径，调用其中ffld_server 模块生成小分子的库文件，网上查询 ffld_server 时，出现了ffconv，生成小分子的charmm-amber-gromacs的拓扑文件，类似于acpype、Cgenff、ATB：
ffconv - 生成小分子的 charmm-amber-gromacs 的拓扑文件：https://github.com/frolov-pchem/ffconv

pmx - 自动化生成炼金术微扰的蛋白结构和图谱文件：https://code.google.com/p/pmx/，https://github.com/deGrootLab/pmx

分子对接打分函数：
dockstring-2022（vina+openbabel+rdkit）python对接软件包：https://github.com/dockstring/dockstring
AA-score-2021-一个新的经验打分函数 ：https://github.com/xundrug/AA-Score-Tool

分子对接程序：
rxdock是rdock的变体-2019：https://gitlab.com/rxdock/rxdock
rdock-2014