BLAST Database error: No alias or index file found for protein database

最新推荐文章于 2023-03-14 14:18:39 发布

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#数据库 #服务器 #linux

本文讲述了在使用PROVEAN软件时遇到的BLASTDatabaseError，具体表现为找不到指定的nr数据库的alias或index文件。通过检查nr数据库文件夹内容，发现解决方案是将BLAST_DB路径更改为'/data/software/blastdb/nr/prot_fa'，并提供了一个使用blastp命令的实例。

在运行PROVEAN软件时，指定的nr数据库路径是：/data/software/blastdb/nr，给出的报错是BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/data/software/blastdb/nr/nr] in search path

# nr数据库下的文件
(base) [user@localhost examples]$ ll /data/software/blastdb/nr/
total 559692336
-rw-rw-rw- 1 root root 236883819668 Mar  3 04:14 nr
-rw-rw-r-- 1 user user    527272381 Mar  3 21:44 prot_fa.00.phr
-rw-rw-r-- 1 user user     20869088 Mar  3 21:44 prot_fa.00.pin
-rw-rw-r-- 1 user user     10434532 Mar  3 21:44 prot_fa.00.pog
-rw-rw-r-- 1 user user    999999663 Mar  3 21:44 prot_fa.00.psq
-rw-rw-r-- 1 user user    526521210 Mar  3 21:45 prot_fa.01.phr
-rw-rw-r-- 1 user user     20867784 Mar  3 21:45 prot_fa.01.pin
-rw-rw-r-- 1 user user     10433880 Mar  3 21:45 prot_fa.01.pog
-rw-rw-r-- 1 user user    999999510 Mar  3 21:45 prot_fa.01.psq
-rw-rw-r-- 1 user user    526400446 Mar  3 21:46 prot_fa.02.phr
-rw-rw-r-- 1 user user     20891984 Mar  3 21:46 prot_fa.02.pin
-rw-rw-

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