MD-钙调素中钙离子的替换和保存

最新推荐文章于 2024-10-12 07:46:51 发布
原创 最新推荐文章于 2024-10-12 07:46:51 发布 · 394 阅读 · 0 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#gromacs

本文探讨了在进行钙调素蛋白动力学模拟时遇到的问题，即修改pdb文件中钙离子名称后，在VMD中显示的位置发生变化。通过对比不同pdb文件发现，确保蛋白残基链与杂原子链对齐是关键。

今天在实验钙调素蛋白的动力学模拟时遇到一个问题：在pdb文件中修改钙离子后，用VMD打开后，钙离子位置发生变化？

在pdb中钙离子的残基名为CA，然而在力场gromos54a7文件夹下rtp中钙离子残基名为CA2+，所以要做把CA替换为CA2+

PDBID:2BBM

# 2BBM 未修改
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA    CA A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA    CA A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA    CA A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA    CA A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184 
# 2BBM-1.pdb 修改1
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA   CA2+ A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA   CA2+ A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA   CA2+ A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA   CA2+ A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184 
# 2BBM-2.pdb 修改2
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA   CA2+A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA   CA2+A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA   CA2+A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA   CA2+A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184

在这里插入图片描述
钙离子以球状表示，蓝色表示2BBM-2.pdb，红色表示2BBM-1.pdb，经过比对，2BBM-2.pdb与2BBM.pdb完全重合，钙离子位置没有偏差。
2BBM-1.pdb和2BBM-2.pdb相比：A链和B链没有对齐

又测试了3CLN,修改pdb文件如下所示：

# 3CLN 未修改
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C  
TER    1127      ALA A 147 
HETATM 1128 CA    CA A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29          CA2+
HETATM 1129 CA    CA A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64          CA2+
HETATM 1130 CA    CA A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17          CA2+
HETATM 1131 CA    CA A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20          CA2+
TER    1132       CA A 152 
# 3CLN-1 修改1
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C  
TER    1127      ALA A 147 
HETATM 1128 CA   CA2+ A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29          CA
HETATM 1129 CA   CA2+ A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64          CA
HETATM 1130 CA   CA2+ A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17          CA
HETATM 1131 CA   CA2+ A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20          CA
TER    1132      CA A 152 
# 3CLN-2 修改2
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C   
HETATM 1127 CA   CA2+A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29           CA2+
HETATM 1128 CA   CA2+A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64           CA2+
HETATM 1129 CA   CA2+A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17           CA2+
HETATM 1130 CA   CA2+A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20           CA2+
TER    1131      CA  A 152

得到的结果：
在这里插入图片描述
蛋白残基链和杂原子链在pdb文件中要对齐，才不会出现钙离子位置发生偏差。在做模拟时，要比对原始文件和转换文件中结构的差别，别一开始就错了。

printf()输出默认是右对齐！！！
weixin_51275821的博客
11-12 2861
不要误认为当对 printf()不进行格式控制时，是左对齐。此时根本谈不上对齐格式！！
printf（）的左对齐和右对齐 —— C语言
m0_58761900的博客
04-16 8077
c语言左对齐与右对齐
C语言printf(““)左对齐与右对齐问题
CPanMirai的博客
01-13 6590
以int类型为例，在%和d中点加入宽度即可。
C语言printf左对齐和右对齐
Peppa Pig
05-25 2万+
1.左对齐方式1 printf("%d\n",101010); 默认打印格式为左对齐； 方式2 printf("%-10d\n",101010); 在打印数字宽度前面加一个“-”。 说明：数字宽度为10，如果要打印的位数小于10，则在后面补足空格；如果要打印的位数大于10，则打印所有的数字，不会截断。 2.右对齐 printf("%10d",101010); 在%和d之间加上数字宽度，就可以右对齐。 说明：数字宽度为10，如果要打印的位数小于10，左边补足空格；如果要打印的位数.
C语言输出格式的左对齐和右对齐
weixin_62375044的博客
06-07 6823
二、浮点数的对齐方式。
关于printf输出之左对齐与右对齐
前端_叶发发のBlog~~~
08-29 2万+
1.左对齐 printf(“%d\n”,101010); 默认为左对齐。 printf(“%-10d\n”,101010); “-”表示左对齐，在数字宽度前面加上“-”号即可。 说明：数字宽度为10，如果要打印的位数小于10，则在后面补足空格；如果要打印的位数大于10，则打印所有的数字，不会截断。 2.右对齐 printf(“%10d”,101010); 在%和d之间加上数字宽度...
C语言printf("")左对齐和右对齐
热门推荐
Do
07-10 21万+
1.左对齐 printf("%d\n,101010");默认打印格式为左对齐； printf("%-10d\n",101010);在数字宽度前面加一个“-”。 2.右对齐 printf("%10d\n",101010);在%和d之间加上数字宽度，就可以右对齐。
C语言printf对齐输出方式
chengzhilong94的博客
02-07 6万+
在编程调试时，通常将log信息输出到文件中，此时需要注意输出对齐方式 C语言中，常见的有两种方式可以实现其输出字符串或数字对齐输出 制表符\t 制表符\t输出的时候，会移动输出光标，实现对齐效果。因此可以在输出的对应位置，增加\t来实现对齐。但有个缺点：要求每行相同列输出占用空间差别不可以太大。（若输出的是数字信息，可以直接将log信息copy到excel表格中，能很好地统计数字数值信息） 加入
C——printf输出的左对齐和右对齐
Williamcsj的博客
12-25 1779
C——printf输出的左对齐和右对齐
C语言printf的左对齐和右对齐，%+d的输出
Wawcbz的博客
08-18 1万+
C语言printf的左对齐和右对齐，%+d的输出
c语言printf的左对齐和右对齐
cosmos2015的博客
06-01 1万+
#include <stdio.h> #include <stdlib.h> int main() { printf("%10dOK\n", 8888); //右对齐。数字宽度为10，若不足10，在左边补足空格 printf("%-10dOK\n", 8888); //左对齐。数字宽度为10，若不足10，在右边补足空格 return 0;...
【c语言和c++的不同-输出篇】保留小数、输出宽度、左对齐、右对齐（简略版）
归忆_AC的博客
10-17 4184
setprecision()单用的话是确定输出位数，它和setw()不同在于，若宽度设置小于变量的宽度，setw()会无效，而setprecision()会截取，如4和5所示；若宽度设置大于变量的宽度，setprecisition()会无效，如2和6所示。再另外多举几个例子吧，%-12.3d表示，将整数int类型变量按宽度12位、保留3位小数，左对齐输；字符char类型对应的是%c，整数int类型对应的是%d，单精度浮点数float类型对应的是%f，为15位，则是%15lf，如2所示。
C语言输出左对齐右对齐，补位
weirdo_coder的博客
10-07 4万+
%d  十进制有符号整数    %u  十进制无符号整数    %f  浮点数    %s  字符串    %c  单个字符    %p  指针的值    %e  指数形式的浮点数    %x, %X  无符号以十六进制表示的整数    %0  无符号以八进制表示的整数    %g  自动选择合适的表示法      1.左对齐 方式1 printf("%d\n",101010); 默认打...
C输出的左对齐和右对齐
king9666的博客
02-07 2883
输出的左对齐和右对齐 默认右对齐 #include <stdio.h> int main() { printf("%10d\n", 1234); //右对齐。数字宽度为10，若不足10，在左边补足空格 printf("%-10d\n", 1234); //左对齐。数字宽度为10，若不足10，在右边补足空格 return 0; } ...
C语言printf左对齐和右对齐以及占位
m0_49337600的博客
11-25 2万+
C语言printf格式化输出左对齐和右对齐以及占位 printf 格式化输出 %d 十进制有符号整数 %u 十进制无符号整数 %f 浮点数 %s 字符串 %c 单个字符 %p 指针的值 %e 指数形式的浮点数 %x, %X 无符号以十六进制表示的整数 %0 无符号以八进制表示的整数 %g 自动选择合适的表示法 一些字符的作用 /n 换行 /f 清屏并换页 /r 回车 /t Tab符 /xhh
C语言中的两种输出对齐方式
qq_39605374的博客
10-16 6653
通过使用左对齐和右对齐，我们可以根据需要控制输出结果在屏幕上的对齐方式。在上面的代码中，“%-10s"表示输出一个字符串，并保证输出字段的宽度为10个字符，左对齐显示。”%-5d"表示输出一个整数，并保证输出字段的宽度为5个字符，左对齐显示。在C语言中，输出对齐是指控制输出结果在屏幕上的对齐方式。在上面的代码中，“%10s"表示输出一个字符串，并保证输出字段的宽度为10个字符，右对齐显示。”%5d"表示输出一个整数，并保证输出字段的宽度为5个字符，右对齐显示。如果有任何疑问，请随时提问。
从零开始学习嵌入式----C语言printf(“ “)左对齐与右对齐问题
D1557329860的博客
07-07 1089
回顾复习C语言学习内容，证实printf(" ")函数数值输出现象，希望能够帮助到大家，有不妥之处，请批评指正！
如何使用printf实现整齐美观的输出？
极客代码
10-12 2713
通过上述示例，可以看出通过合理使用printf的格式控制符，可以实现整齐美观的输出效果。具体来说，可以使用宽度、对齐方式、填充字符、精度等来控制文本的布局，同时结合 ANSI 转义序列来增强视觉效果。希望这些示例能帮助你在实际项目中更好地使用printf来实现整洁美观的输出。无论是进行数据分析、日志记录还是简单的命令行应用程序，这些技巧都将让你的输出更加专业和美观。
C语言中的位左对齐与右对齐
最新发布
11-25
在C语言里，位左对齐和右对齐一般在格式化输出时会用到，主要用于控制数据在输出时的位置。以下是相关介绍： ### 整型数据的左对齐与右对齐 通过`printf`函数实现整型数据的左对齐和右对齐。右对齐是默认方式，在格式说明符`%`和`d`之间添加数字来规定输出宽度，若数字位数小于规定宽度，会在左边补空格；左对齐则需在数字前加`-`号，若数字位数小于规定宽度，会在右边补空格。 示例代码如下： ```c #include <stdio.h> int main() { // 右对齐。数字宽度为10，若不足10，在左边补足空格 printf("%10d\n", 1234); // 左对齐。数字宽度为10，若不足10，在右边补足空格 printf("%-10d\n", 1234); return 0; } ``` ### 不同输出长度的情况 当规定的输出宽度和数字实际位数不同时，有不同的处理方式。若规定宽度小于数字实际位数，会完整输出数字；若规定宽度大于数字实际位数，右对齐在左边补空格，左对齐在右边补空格。 示例代码如下： ```c #include <stdio.h> int main() { // -5是左对齐，输出长度为5。5是右对齐，输出长度为5 printf("%-5d %5d\n", 455, 455); printf("%-5d %5d\n", -123, -123); // 规定宽度小于实际位数，完整输出数字 printf("%-5d %5d\n", 987654, 987654); return 0; } ``` ### 其他数据类型的对齐 除整型外，其他数据类型也能实现左对齐和右对齐。例如浮点数（`%f`）、字符串（`%s`）等，方法和整型一致。 示例代码如下： ```c #include <stdio.h> int main() { // 右对齐浮点数，宽度为10 printf("%10f\n", 3.14); // 左对齐浮点数，宽度为10 printf("%-10f\n", 3.14); // 右对齐字符串，宽度为10 printf("%10s\n", "hello"); // 左对齐字符串，宽度为10 printf("%-10s\n", "hello"); return 0; } ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值