MD-钙调素中钙离子的替换和保存

最新推荐文章于 2021-08-13 14:06:07 发布

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本文探讨了在进行钙调素蛋白动力学模拟时遇到的问题，即修改pdb文件中钙离子名称后，在VMD中显示的位置发生变化。通过对比不同pdb文件发现，确保蛋白残基链与杂原子链对齐是关键。

今天在实验钙调素蛋白的动力学模拟时遇到一个问题：在pdb文件中修改钙离子后，用VMD打开后，钙离子位置发生变化？

在pdb中钙离子的残基名为CA，然而在力场gromos54a7文件夹下rtp中钙离子残基名为CA2+，所以要做把CA替换为CA2+

PDBID:2BBM

# 2BBM 未修改
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA    CA A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA    CA A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA    CA A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA    CA A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184 
# 2BBM-1.pdb 修改1
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA   CA2+ A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA   CA2+ A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA   CA2+ A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA   CA2+ A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184 
# 2BBM-2.pdb 修改2
ATOM   2700 2HD2 LEU B  26      17.951 -18.980 -17.260  1.00  7.95           H  
ATOM   2701 3HD2 LEU B  26      17.818 -20.520 -16.416  1.00  7.62           H  
TER    2702      LEU B  26 
HETATM 2703 CA   CA2+A 181      11.240   1.243  10.109  1.00  1.14          CA2+
HETATM 2704 CA   CA2+A 182      19.123   4.066   0.604  1.00  0.99          CA2+
HETATM 2705 CA   CA2+A 183     -15.000 -10.457  -0.757  1.00  0.94          CA2+
HETATM 2706 CA   CA2+A 184     -21.362   0.710  -5.410  1.00  0.93          CA2+
TER    2707       CA A 184

在这里插入图片描述
钙离子以球状表示，蓝色表示2BBM-2.pdb，红色表示2BBM-1.pdb，经过比对，2BBM-2.pdb与2BBM.pdb完全重合，钙离子位置没有偏差。
2BBM-1.pdb和2BBM-2.pdb相比：A链和B链没有对齐

又测试了3CLN,修改pdb文件如下所示：

# 3CLN 未修改
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C  
TER    1127      ALA A 147 
HETATM 1128 CA    CA A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29          CA2+
HETATM 1129 CA    CA A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64          CA2+
HETATM 1130 CA    CA A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17          CA2+
HETATM 1131 CA    CA A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20          CA2+
TER    1132       CA A 152 
# 3CLN-1 修改1
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C  
TER    1127      ALA A 147 
HETATM 1128 CA   CA2+ A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29          CA
HETATM 1129 CA   CA2+ A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64          CA
HETATM 1130 CA   CA2+ A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17          CA
HETATM 1131 CA   CA2+ A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20          CA
TER    1132      CA A 152 
# 3CLN-2 修改2
ATOM   1125  O   ALA A 147      -1.938  22.966   5.190  1.00 63.20           O  
ATOM   1126  CB  ALA A 147      -1.738  26.270   6.293  1.00 63.07           C   
HETATM 1127 CA   CA2+A 149     -13.638  53.352  31.500  1.00 12.29           CA2+
HETATM 1128 CA   CA2+A 150     -17.797  50.156  20.859  1.00 15.64           CA2+
HETATM 1129 CA   CA2+A 151      15.035  17.711  17.954  1.00 28.17           CA2+
HETATM 1130 CA   CA2+A 152      13.784  23.887   8.345  1.00 29.20           CA2+
TER    1131      CA  A 152

得到的结果：
在这里插入图片描述
蛋白残基链和杂原子链在pdb文件中要对齐，才不会出现钙离子位置发生偏差。在做模拟时，要比对原始文件和转换文件中结构的差别，别一开始就错了。