HPC平台搭建

前言

前面我们介绍了HPC高性能计算集群的背景高性能计算(HPC)的背景和简介和结构组成HPC系统组成简介，接下来，我们来聊聊如何一步步搭建一套HPC平台。
PS：本文会持续更新，不断细化和完善

准备

• 硬件：我们需要至少一台管理节点(mgt)，一台登录节点(login)，资源不足时login可复用管理节点，一台io节点和若干计算节点，网络环境打通。
• 操作系统：准备Centos 7.6系统镜像
• 确定调度系统：SLURM
• 确定文件系统：GPFS

管理节点部署

• 安装OS，使用准备的系统镜像进行安装
• 配置系统
  • SELINUX关闭
  • FIRWALLD关闭
  • SSH端口优化
• 编写hosts表，配置ip地址
• 配置本地yum源
• 安装docker
• xcat导入
  • ntps、dns、http、dhcp、nfs server
  • 安装LDAP server、webmin、创建slurm用户
  • 导入分发脚本
    • 网络配置：ntp、rsyslog自动配置（xcat自带）
    • 系统优化、ssh调优、swap调优脚本配置、module安装
    • IB网络驱动、GPU显卡自动安装脚本
    • ldap server、ldap client自动安装脚本
    • 作业调度server、client自动安装脚本
    • 文件系统server、client自动安装脚本
    • 自动安装intel编译器、iozone、stream、iperf

集群系统部署

• client节点导入mac表
• 集群系统分发：
  • io节点脚本部署：文件系统server、IB驱动、系统优化、ntp、rsyslog、网络配置、多路径安装脚本
  • Login节点脚本部署：系统优化、ntp、rsyslog、网络配置、文件系统client、作业调度server、IB驱动、intel编译器、module安装脚本
  • 计算节点
    • GPU节点：系统优化、npt、rsyslog、网络配置、ldap client、作业调度client、IB驱动、GPU驱动、module安装脚本
    • CPU节点:系统优化、npt、rsyslog、网络配置、ldap client、作业调度client、IB驱动、module安装脚本
  • 文件系统配置
  • 作业调度系统配置

集群性能测试

• linpack测试脚本
  • 测试输出结果：单节点、单刀箱、整个集群
• iozone性能测试脚本
  • 测试结果包括8K、16K、128K、1M、4M、8M、16M
• stream性能测试脚本
• iperf性能测试脚本

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