prodigal，一款预测原核生物中所有ORF的软件，使用方法简单快捷

最近使用hmmer时使用到了prodigal，这个工具主要是用来预测原核生物中所有的ORF的，只要将要预测的基因组传入软件即可，不论是单个物种的基因组，还是宏基因组都可以，而且软件计算速度很快，有需要的时候可以用一下呀！

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下载以及安装

prodigal可以直接在github上下载发布版本，分别有windows、linux或者os系统的，在linux上下载后解压，再make一下即可(因为我使用make install报错了，但照样能使用)。github链接为https://github.com/hyattpd/Prodigal/releases/tag/v2.6.3。

基本使用方式

prodigal的使用方式十分简单，只需要prodigal一个命令即可，简要介绍一下其包含的参数：

项目	Value
-i	输入文件
-a	表示将预测到的ORF全部翻译为氨基酸序列后记录到-a后跟的文件名中
-g	选取翻译用的密码子表
-c	表示不允许找到的ORF是不具有起始密码或终止密码的(默认是允许的)
-d	后面跟找到的所有ORF的核酸序列
-o	指定输出文件
-f	选取输出格式，默认为gbk格式，还可以选gff，sco等
-h	帮助
-m	不寻找包含N的序列
-p	选择输入单个基因组还是宏基因组(默认为单个)
-q	不打印过程
-s	将所有潜在的序列都记录下来在-s跟的文件中
-t	生成training文件，以便后续类似的预测
-v	打印出prodigal的版本
-n	Bypass Shine-Dalgarno trainer and force a full motif scan（这个不是很懂，和使用到的基序相关）

其中比较常用的应该就是-a、-o、-d、-s这几个参数。

三种使用模式

normal mode

默认使用的模式，根据输入的基因组，从基因组中分析、学习等，再根据得到的特性来预测所有的ORF。

anonymous mode

匿名模式，使用prodigal自带的已经预先计算好的模式来预测ORF

training mode

初次使用时同normal mode，但是使用后可以得到一个训练后得到的文件，下一次预测ORF时可以使用这个文件作为一种模式来预测

输出文件

输出文件中包含的内容主要和找到的序列相关，包含有一个自动生成的ID、其起始密码子的类型，终止密码子的类型，是否同时找到起始和终止密码，以及起始密码和终止密码的位置，gc比值，得分等。如下例(预测的ORF被翻译成蛋白质序列)：

这些信息都比较一目了然，我也就不多介绍了。