【python】phy安装步骤

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前言

phy是神经科学领域一个开源的可视化工具，为大规模神经记录信号提供图形用户界面和手工分选工具。本篇文章是根据phy官方文档的安装过程，存档方便下次重装环境，供大家参考。

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Installation instructions

Run the following commands in a terminal:（直接在anaconda prompt中运行）

1. Create a new conda environment with the conda dependencies: 指定python版本为3.11（小于3.12）

conda create -n phy2 -y cython dask h5py joblib matplotlib numpy pillow pip pyopengl pyqt pyqtwebengine pytest python=3.11.9 qtconsole requests responses scikit-learn scipy traitlets

debug ModuleNotFoundError: No module named ‘imp’

报错原因：imp模块从3.4后改为importlib，3.12后完全弃用
解决方案：
a. （推荐）环境中装小于3.12版本的python
b. 前往报错文件（plugin.py）中将imp改为importlib，注意开头的import部分和后面使用到的部分imp.xx都要修改。作者修改完后，gui能正常打开，但是有些窗口没有显示。

2. Activate the new conda environment with

conda activate phy2

3. Install the development version of phy:

pip install git+https://github.com/cortex-lab/phy.git

debug pip install git+https://github.com/cortex-lab/phy.git

a. 报错：找不到git
解决方案：前往git网站下载git，重启anaconda命令行，重新输入第2,3步命令。

b. github网络原因报错：
例如：

fatal: unable to access 'https://github.com/cortex-lab/phy.git/': Failed to connect to github.com port 443 after 21071 ms: Couldn't connect to server
  error: subprocess-exited-with-error

或者

 fatal: unable to access 'https://github.com/cortex-lab/phy.git/': OpenSSL SSL_read: SSL_ERROR_SYSCALL, errno 0
  error: subprocess-exited-with-error

解决方案：前往git的命令行git bash，运行以下代码取消代理

git config --global --unset http.proxy
git config --global --unset https.proxy

或者先设置代理再取消代理

git config --global http.proxy
git config --global https.proxy
git config --global --unset http.proxy
git config --global --unset https.proxy

c. pip网络原因报错：
例如：

raise ReadTimeoutError(self._pool, None, "Read timed out.")
pip._vendor.urllib3.exceptions.ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool(host='files.pythonhosted.org', port=443): Read timed out.

解决方案：把pip install git + https分为两步

git clone https://github.com/cortex-lab/phy.git
cd phy
pip install -e .

4. [OPTIONAL] If you plan to use the Kwik GUI, type pip install klusta klustakwik2

5. Phy should now be installed. Open the GUI on a dataset as follows (the phy2 environment should still be activated):

//进入sort结果的路径
cd path/to/my/spikesorting/output
phy template-gui params.py

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