33、肽序列标签的快速准确生成与微生物系统的计算机模拟进化

肽序列标签的快速准确生成与微生物系统的计算机模拟进化

肽序列标签生成实验

在肽序列标签的研究中，研究人员对算法进行了实验测试。实验使用了两组数据集，一组是 2657 个无翻译后修饰（PTMs）的注释酵母离子阱串联质谱，另一组是 2620 个每个光谱都人工添加了一个常见 PTM 集合中 PTM 的光谱。算法采用 C++ 语言实现，并在配备 4 个 CPU 的戴尔 Power Edge 1950 服务器上运行。

以下是互补离子对选择的准确率表格：
| 数据集 | 准确率 |
| — | — |
| 无 PTM（2657） | 95.3% |
| 有一个 PTM（2620） | 95.2% |

从表格中可以看出，程序能够分别在两个数据集中 95.3% 和 95.2% 的光谱中正确识别出一对互补离子。

同时，还将该算法的肽序列标签选择结果与 SeqTag 和 PepNovo 进行了比较，结果如下：
| 标签长度 | 算法 | R=1(%) | R=3(%) | R=5(%) | R=10(%) | R=25(%) | T(s) |
| — | — | — | — | — | — | — | — |
| 3 | 我们的算法 | 69.7 | 84.2 | 89.5 | 92.3 | 95.3 | 0.27 |
| 3 | SeqTag | 68.1 | 84.8 | 90.3 | 94.8 | 97.1 | 0.32 |
| 3 | PepNovo | 62.8 | 83.7 | 89.7 | 94.9 | 97.8 | 3.59 |
| 4 | 我们的算法 | 55.4