计算机底层 CPU 内存 磁盘

chipseeker Y叔 这一次讲解非常重要的peak注释,注释在ChIPseeker里只需要用到一个函数annotatePeak,它可以满足大家各方面的需求。 输入 当然需要我们上次讲到的BED文件,ChIPseeker自带了5个BED文件,用getSampleFiles()可以拿到文件的全路径,它返回的是个named list,我这里取第4个文件来演示。annotatePeak的输入也可以是GRanges对象,你如果用R做peak calling的话,直接就可以衔接上ChIPseeker了。 require(ChIPseeke 阅读详情

1.首先说一下磁盘和内存
在说磁盘和内存之前先说一下
磁盘
,顾名思义磁盘,像盘子一样,磁盘上有许多磁道,一圈套一圈,磁盘还有机械臂,通过机械的变换位置,来获取不同磁道上的数据。每圈磁道进行等长的切割,切割成的每块叫做基本存储单元,每个存储单元可存4kb的数据,但是还可以拓展到8kb 或者 16kb 。
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如上图,磁盘就像这样通过机械臂来扫描磁道获取数据。
说一下读取或者存储数据的速度。如果需要存储100kb的数据,那么刚好需要25个存储单元,如果他们连续的在同一磁道上,机械臂不用转动,就可以快速的读取完这25块存储单元,如果每个磁道都分散着一个存储单元,那么磁道就需要转动25次。几乎所有的时间都浪费在了机械臂的转动上,因为是机械运动。也就是我们说的机械寻址,大部分时间都是机械臂在转动,来进行机械寻址。

当磁盘拿到数据以后,就要传输给内存,那么通过什么传输呢?大学课本中说的是总线,或者BUS. 其实说白了就是通过电路,用电信号的方式进行传输,现在的计算机的总线大多是32位的,所以我们的磁盘每次传输的数据也是32位。传输时间大约为10ms。
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2.下面就是内存和CPU

内存到CPU之间的传输速度比磁盘到内存的传输速度还要块,大约是50-100个时钟周期。是磁盘到内存传输速度的1000万倍,所谓时钟周期就是CPU进行一次运算的时间(64位数据)。
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CPU
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cpu内部有告诉缓存器L1,L2,L3,(三者可达到几十兆达到空间)。因为L1 离cpu运算的近,所以其传输速度也是最快的,下面依次为L2 L3. 中间有一个寄存器, 其作用就相当于 cpu, 内存,磁盘,三者之间的内存,都是为了增加传输速度而增加的,具体作用就是暂时存储数据。

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