使用超算小结

最近在学习使用超算来跑实验室的程序，将一周的学习心得记录在这。另外，Linux的及超算使用的基础几乎为0，描述有错请及时指正！

前提：使用的超算集群分为登录服务器user@login和其他运算服务器，以下统称为n节点，且整个集群共用同一存储。可以理解为系统为每一位用户开辟一块存储，登录节点只允许登录登出操作，部署任务需要切换到其他可用的节点，但由于这些节点共用存储，所以只需将程序和数据上传一次即可在任一节点下查到。这样，我们很容易就可以实现并行运算，比如，将数据集拆成10份，调用10个可用节点分别去执行程序分析数据，最后将10份结果汇总，就得到了整个数据的结果。

使用中遇到的问题：

1.拆分数据集

这一步我们直接平均分配，由于数据集是一些分散的矩阵，可以很容易的按数量来拆分，但是对于互相之间有关联的数据就需要更精细的划分了。

2.节点的使用

使用Xshell登录服务器之后，键入bhosts指令查看当前的可用节点，利用ssh指令连接要使用的节点，之后便可以执行自己的程序了。例如

ssh 节点名称  #登录该节点，可能需要输入密码
java Test    #执行名为Test的java程序
exit     #退出当前节点，这一步很重要，直接叉掉xshell会导致该进程继续存在，可能有隐患

 

3.如何进行多节点使用

如果对脚本比较熟悉可能就没有这个疑问了QAQ（感受到知识的匮乏），为了同时调用几个节点执行任务，查阅了各种资料，其中一篇https://www.ibm.com/developerworks/cn/aix/library/au-aix-run-commands/index.html给我们带来了启示。为了实现并行还鼓弄了半天dsh和pssh，后来才顿悟我们的集群在物理上就可以实现了并行，由于共享内存，直接循环调用可用节点执行程序去分析不同的数据就完事了，此后开始研究shell脚本命令。

3.shell命令

这里需要用到循环，将节点名称进行循环，然后ssh，再执行命令，最后退出，期间要将输出信息重定向到指定文件，代码如下

#!/bin/bash
j=0   #变量，为了传参使用
for server in node06 node07 node08 node09  #循环6、7、8、9节点
do
j=`expr $j + 1`     #j++
ssh -tt ${server} <<EOF     #-tt是将虚拟终端的信息输出到当前终端
cd sun/
nohup java -jar xx.jar $j >>myout.txt 2>&1 &  #将程序设为后台执行，且将输出信息重定向
                                              #到myout.txt中，java -jar xx.jar $j为执行命令
exit
EOF
done
echo "finish"

4.其他

在ssh时可能需要输入密码，使用免密登录即可直接连接，具体做法可用查其他教程，我们只是执行了ssh-keygen就完成了免密登录，可能是各个节点共享存储吧，免去了复制公钥文件到各个服务器下的步骤。

以上就是我们使用超算的一些总结和心得，小白一只进攻参考，有错误的地方还望在评论区指正，我会及时修改，谢谢！