SimpleITK、Slicer读取图像信息

最新推荐文章于 2025-06-21 18:42:40 发布

我的辉

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分类专栏： slicer

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/huihui__huihui/article/details/115526694

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本文对比了SimpleITK和Slicer两种工具在读取图像文件时获取尺寸、原点、空间和方向信息的方法，并展示了它们在医疗图像处理中的应用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

SimpleITK读取图像信息

image = sitk.ReadImage("/home/jack/test/T1.nrrd")
#图像的大小
iamge.GetSize()
#原点
image.GetOrigin()
#空间
image.GetSpacing()
#方向
image.GetDirection()

结果
在这里插入图片描述

Slicer读取图像信息

masterData=masterVolumeNode.GetImageData()
#masterData的类型是vtkImageData 
masterData.GetDimensions()
masterVolumeNode.SetDimensions()

masterData.GetSpacing()
masterVolumeNode.SetSpacing()

masterData.GetOrigin()
masterVolumeNode.SetOrigin()

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我的辉

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使用SimpleITK学习图像读取

MhgCobol的博客

09-21

553

在本文中，我将向您展示如何使用SimpleITK库来读取图像数据，并提供相应的代码和描述。通过上述代码，我们可以轻松地使用SimpleITK来读取图像数据，并进行进一步的处理和分析。SimpleITK提供了许多其他功能，如图像滤波、分割、配准等，您可以根据自己的需求进一步探索。通过这个函数调用，我们将图像数据转换为NumPy数组，使得我们可以使用NumPy的功能对图像进行更复杂的操作。除了基本信息之外，我们还可以使用SimpleITK库提供的各种函数来进一步处理图像数据。接下来，我们可以使用。

可以使用Python中的SimpleITK库（sitk）来读取多个图像并将其存储在列表中。

WunApplescript的博客

09-21

828

这是一个简单的示例，它演示了如何使用sitk.ReadImage函数读取多个图像并将其存储在列表中。你可以根据自己的需求进一步扩展代码，并对读取的图像进行处理和分析。接下来，我们初始化了一个空的图像列表，然后使用一个循环遍历图像文件列表。在代码中，我们首先导入了SimpleITK库并引入了os模块，以便处理文件路径。然后，我们定义了图像文件夹的路径，并使用。然后，你可以使用sitk.ReadImage函数来读取每个图像，并将其存储在一个列表中。最后，我们将读取的图像添加到图像列表中。

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SimpleITK——创建nrrd体素模型

最新发布

bianguanyue的博客

06-21

354

在介绍如何生成nrrd前，了解一下为什么医学影像上一般使用nrrd的体素模型？

SimpleITK学习（二）图像读取

weixin_30765577的博客

03-08

2834

通常我会用simpleitk来读取dicom文件，主要是为了将dicom文件转换为numpy矩阵，便于输入神经网络，读取dicom文件可分为两种情况，一.单独的dicom文件二.一系列dicom文件，前者只是一张切片，通常是X光片，后者是很多张切片，合在一起通常代表CT图像。一. 读取dicom文件 file = sitk.ReadImage(filepath) 获取基本信息，...

SimpleITK读取医学影像文件

我是托蜜的博客

06-12

7635

原文：https://blog.youkuaiyun.com/songchunxiao1991/article/details/79074604 SimpleITK ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。 Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文 X射线图像对应的读取 import SimpleITK as sitk filename = ...

Ubuntu中python调用SimpleITK来显示图像

mjiansun的专栏

02-28

6272

转自：http://blog.youkuaiyun.com/jiandanjinxin/article/details/53232440 misc.imshowipython import os from scipy import misc dataDir = os.environ["HOME"] + "/Downloads/SimpleITK-MICCAI-2001-Tutorial-master/D

SimpleITK使用——5. dicom转nifti，获取dicom的meta信息

啷个哩个啷

09-28

741

记录一下

【SimpleITK 学习笔记】01安装与图像读写

NirReb的博客

05-19

3707

读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

09-16

SimpleITK的`GetDepth`方法可以获取图像的深度（层数），`GetSize`则返回图像的尺寸（宽、高、深）： ```python img = sitk.ReadImage(path) print(img.GetDepth()) # 输出图像的深度，如144 print(img.GetSize()) ...

SimpleITK使用——6. DICOM-RT格式转换为nii.gz格式

啷个哩个啷

04-26

1870

其实Github上有很多这样的库和脚本，但是都大同小异，掌握关键那部分代码就可以。要明确一点，SimpleITK不支持对DICOM-RT struct格式大部分脚本都是用pydicom读取，然后再用numpy等进行切片等操作。 1. 使用MIScnn库来完成转换安装 sudo pip install miscnn # linux pip install miscnn --user # Windows 使用 from miscnn.data_loading.interfaces.dicom_io

读取并可视化DICOM图像（VTK & OpenCV）

06-21

本资源是将DICOM格式的CT图用VTK读取，转给OpenCV处理并可视化。当中的操作比普通的图片显示要更困难（可看我的博文了解）。本程序只要配置好OpenCV和VTK环境即可成功运行，使用简单方便。

simpleITK医学图像配准

09-06

使用simpleITK进行医疗图像的配准，上述是以jupyter 写的，有配准的意义

SimpleITK使用——4. 奇怪的问题

啷个哩个啷

06-30

1601

numpy默认数据类型问题

SimpleITK学习

Kint的博客

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1531

SimpleITK工具包入门学习

Slicer学习笔记（五十一）slicer python扩展中在3D视图显示信息

juluwangriyue的博客

03-21

1324

Slicer学习笔记（五十一）slicer python扩展中在3D视图显示信息1、Display text in a 3D view or slice view 1、Display text in a 3D view or slice view The easiest way to show information overlaid on a viewer is to use corner annotations. view=slicer.app.layoutManager().threeDWidget(

使用SimpleITK调用3D Slicer（其他Viewer操作相同）

Steven_Zhang_的博客

10-23

826

使用SimpleITK调用3D Slicer一、安装3D Slicer二、设置环境变量利用cmd设置环境变量进行测试一、安装3D Slicer 二、设置环境变量利用cmd设置环境变量 setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\xxx\xxx\ImageJ\Slicer.exe" 以上path中为安装3D Slicer的地址，其他viewer也是同样操作。【注】环境变量设置成功后会有提示。进行测试 import SimpleITK as sitk img = sitk.ReadImage

3d slicer读取html图像,使用3D Slicer对图像进行配准(示例代码)

weixin_28943105的博客

06-18

558

在进行深度学习之前，我们需要图像进行一些预处理操作，其中配准是很重要的一环，以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准3D Slicer是(1)一个软件平台，用以图像分析(包括配准和实时编辑)，图像可视化以及图像引导治疗；(2)是一个免费、开源软件，并适用于Linux、MacOSX和windows操作系统；(3)拥有强大的可扩展性，可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用。3D slice...

SimpleITK的IJK坐标和RAS坐标，长度，角度转化并将结果用于3DSlicer

william1205_的博客

04-03

797

在上一篇文章里提到SimpleITK和Slicer的R轴和A轴很有可能相反，那么必须在负号上做一些修改才能保证SimpleITK的计算结果在Slicer里能正确使用。基于这个原理，还可以写出在sitk中计算RAS长度和角度的函数（角的单位用度）IJK坐标和RAS坐标转化ras2ijk2ras.py。IJK转RAS是上面的逆过程。RAS转IJK一共3步。

Slicer学习笔记（五十三）slicer 数据转simpleITK数据

juluwangriyue的博客

03-24

1064

Slicer学习笔记（五十三）slicer 数据转simpleITK数据1、Running an ITK filter in Python using SimpleITK 1、Running an ITK filter in Python using SimpleITK inputImage = sitkUtils.PullVolumeFromSlicer(self.volume_node) print(inputImage) Image (00000265CB863CC0) RTTI typei

ValueError: Error reading image Filepath or SimpleITK object

03-27

<think>嗯，用户遇到了使用SimpleITK读取图像文件时的ValueError问题，我需要帮他们解决。首先，我得回想一下常见的导致这个错误的原因。可能的情况包括文件路径错误、文件格式不支持、文件损坏，或者权限问题。首先，检查文件路径是否正确。用户可能在路径中使用了反斜杠而没有转义，或者在Linux/macOS系统中没有正确处理空格。建议他们使用绝对路径，并用双引号包裹路径字符串。另外，检查文件是否存在也很重要，可以用os.path.exists验证。接下来，文件格式的问题。SimpleITK支持多种格式，但某些特殊情况可能不被支持。比如DICOM可能需要用专门的ReadImage函数，或者多帧TIFF可能需要额外处理。建议用户确认文件格式，并尝试用其他软件打开，确保文件没有损坏。然后，考虑异常处理。使用try-except块捕获错误，并打印详细信息，这样用户能更清楚问题所在。同时，检查文件权限，确保程序有读取权限，特别是在Linux系统中可能需要chmod修改权限。另外，图像数据可能存在问题，比如位深不支持或数据损坏。建议用户用其他库如PIL或OpenCV尝试读取，如果成功，可能是SimpleITK的兼容性问题。还可以用sitk.ReadImage转换已加载的数据。最后，查看SimpleITK的文档和社区，看看是否有类似问题或更新版本修复了某些bug。升级库版本有时也能解决问题。生成相关问题方面，可能需要覆盖其他图像处理库的异常处理、SimpleITK支持的格式、优化读取速度的方法，以及处理DICOM文件的常见问题。这样用户能全面了解相关知识点。</think>### 解决SimpleITK读取图像文件时的ValueError问题 #### 1. 检查文件路径与格式兼容性 - **文件路径有效性**：确保路径使用正斜杠`/`或转义反斜杠`\\`，路径字符串建议用`r""`原始字符串格式示例：`sitk.ReadImage(r"D:/data/image.nii")` - **文件格式支持**：SimpleITK支持`.nii`, `.mha`, `.dcm`等格式，但某些变体可能需要特定参数[^1] - **验证文件完整性**：用其他工具（如ITK-SNAP、3D Slicer）确认文件可正常打开 #### 2. 基础错误处理框架 ```python import SimpleITK as sitk try: image = sitk.ReadImage("image.nii") print("图像尺寸:", image.GetSize()) except ValueError as e: print(f"读取失败: {str(e)}") # 检查路径/格式/权限 except RuntimeError as e: print(f"运行时错误: {str(e)}") ``` #### 3. 特殊格式处理技巧 - **DICOM序列读取**：使用专用方法处理多切片数据 ```python reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_files = reader.GetGDCMSeriesFileNames("dicom_dir") reader.SetFileNames(dicom_files) image = reader.Execute() ``` - **多帧TIFF处理**：通过`imageio`分帧读取后转换 ```python import imageio vol = imageio.volread("multiframe.tif") sitk_image = sitk.GetImageFromArray(vol) ``` #### 4. 深度错误诊断步骤 1. 使用`file`命令检查文件类型（Linux/macOS） 2. 执行十六进制头检查： ```bash hexdump -n 64 -C problematic_file.mha ``` 3. 验证图像元数据完整性： ```python print(sitk.GetArrayViewFromImage(image).shape) ```