3D Slicer打开 fMRI 影像并查看扫描参数

已于 2024-04-08 12:13:05 修改
阅读量1.2k 收藏 12
点赞数 1
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： 3D Slicer 文章标签： 笔记
于 2024-04-08 12:07:33 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/learner_jj/article/details/137502662
本文描述了作者尝试使用3DSlicer加载和处理fMRI数据的过程，包括加载dicom文件夹的长时间等待、观察图像质量以及发现扫描参数的方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

到处搜罗 3D Slicer 加载和处理fMRI，也木有捕获到啥有用信息，只能自己摸索了，顺便记录一下。
有一个fMRI影像文件夹，是dicom格式，现想用3D Slicer 打开看看长啥样，步骤如下

(1)双击打开3D Slicer(已经安装过）
(2) Load 影像的DICOM 文件夹
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
加载时间真的有点长，至少比单纯加载结构像长了不止2倍，只能耐心等待。。。
在这里插入图片描述
终于加载成功了，有2个有效数据，一个看起来是3帧，一个看起来是200帧, 看看这影像糊糊的一团，要不怎么说bold 像就是分辨力差呢，眼见为实。。。
(3) 查看影像的扫描参数
》》进入Data 模块

最低0.47元/天 解锁文章
3D Slicer 教程二 ---- 数据集
smallITperson的博客
10-14 2425
上一章下载3d slicer的软件,这章从加载数据集来弄清楚3dslicer怎么使用.如果没有数据集,也可用用样本数据.可以添加图片文件夹,(试了MP4不行,内镜的视频估计不支持),添加单个图片的话,会出现一些选项,‌ 这种图通常用于医学图像处理中，表示解剖结构、病变和其他对象的空间位置。图像分割是制作标签图的过程，可以通过手动、半自动或全自动的方法进行‌1。在3D Slicer中，标签图可以用于多种用途，包括可视化某些结构、进行定量分析（如测量体积、表面、形状属性）、3D打印和遮罩处理等。
DPABI将fMRI和T1结构像DICOM转为NIFTI并查看扫描参数
learner_jj的博客
04-12 1556
DPABI将DICOM转nii
医学图像可视化工具介绍（一）-3D Slicer
最新发布
weixin_52145255的博客
04-16 2398
3D Slicer 是一个免费的开源软件平台，用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。Slicer 的功能包括：（1）读/写DICOM图像和多种其他格式；（2）三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化；（3）手动编辑和标记图像；（4）使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据；（5）图像自动分割；（6）跟踪图像引导程序的设备。3D Slicer可以高效的帮助用户可视化各种类型的医学图像。安装打开后可以看到主页面如下。更多信息可以参考。
ParametricMultisubjectfMRI:SPM，FSL和AFNI脚本用于调查多主题功能磁共振成像参数统计的有效性
05-17
参数多学科MRI SPM，FSL和AFNI的脚本用于调查多主题fMRI的参数统计的有效性。 Eklund，A.，Nichols，T.，Knutsson，H.，聚类故障：为什么空间范围的fMRI推断会增加假阳性率，PNAS，2016
读取并显示dicom文件的图像数据和覆盖层数据
zhangwenjiawangwang的专栏
11-29 6856
dicom像素读取 OverLayData
一些关于fMRI脑数据的预处理工具
xiaobaizaza_Ry的博客
12-17 3426
这里是关于fMRI脑数据的预处理工具的相关调研主要是关于数据的预处理，数据的分析以及可视化的部分软件的调研。原创文章，未经同意请勿转载📌 预处理/显示工具的笔记有关fMRI预处理的工具常见的有SPM、FSL、FreeSurfer等（这三款是比较常用的预处理工具，对于计算机类专业来说），此外最近还有比较新的集成框架如Nipype，其其集成了大部分常用的神经影像学数据处理软件，包括ANTSSPMFSLFreeSurferCaminoMRtrixMNEAFNISlicer、dprasf等；还有。
fMRI预处理工具
The_best_man的博客
06-19 5493
fMRI预处理工具 按照之前文章的介绍，该部分将主要介绍SPM与DPABI的处理流程，希望可以方便大家的学习。 SPM DPABI 优点 便于了解数据处理的工作原理 简单，可执行批处理，任意中断处都可以开始 缺点 产生较大的数据量 没有缺点诶 SPM 界面介绍 数据预处理窗口 统计处理窗口 小工具窗口 处理执行过程界面 图形界面 处理过程 参见 SPM入门案例1； SPM入门案例2； SPM入门案例3. DPABI 界面介绍 Command命令行打开DPAB| 2
文献 | fMRI入门指南
Tregs的博客
01-21 5834
分享篇文献咧
3DSlicer入门操作教程
luemeon的博客
09-16 2万+
3DSlicer用于医学图像
【医学图像处理】fMRI数据处理记录
大白的博客
11-11 2012
处理从ADNI中下载的fMRI数据，写此笔记以记录过程。
【3D Slicer】的小白入门使用指南二
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
11-12 927
1) 在上面第七步的的基础上，在模块搜索的菜单栏处，将volumes修改为Volume Rendering，得到，并看到左侧有该影像的Display模块信息。4）在Display模块下的Crop处，勾选上Enable和Display ROI，可以得到如下所示的不同的感兴趣区域框。5） 再次勾选上volume处的眼睛图标，同时拖拽3D影像图上的ROI区域框，可以拖出右侧的肾脏，得到2个肾脏图。6）点击右侧红色区域上的钉子图标，并点击链接图标（将三个图链接起来），继续点击眼睛，得到3D影像图。
<Principles of fMRI 1>课程笔记2--fMRI数据结构
热门推荐
锦小年的博客
01-01 5万+
一、 时间分辨率与空间分布率、结构图像与功能图像时间分辨率(temporal resolution)：时间分辨率由扫描一张图片所需的时间决定，事实上扫描一张图片的时间是由一个扫描时的参数TR决定的。他决定了我们区分观察不同时间点上大脑变化的能力。空间分辨率(spacial resolution)：空间分辨率决定了我们区分不同区域微小变化的能力（图片是否清晰）。在磁场等条件一样时，fMRI扫描出的图像
fMRI基础理论知识学习
qq_44858224的博客
03-18 6074
介绍fMRI基础的理论知识
【3D Slicer】的小白入门使用指南一
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
11-11 3430
3D Slicer 是一个免费的开源软件平台，用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。Slicer 的功能包括：读/写。
【3D Slicer】的小白入门使用指南八
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
11-14 1248
大脑解剖● 白质约占大脑的 45%● 有髓神经纤维（大约10微米轴突直径）白质探索朱尔斯·约瑟夫·德杰林（Jules Joseph Dejerine，《神经中心解剖学》（巴黎，1890-1901）：基于髓磷脂染色标本的神经解剖图谱）扩散张量成像（DTI）扩散加权成像（DWI）纤维束成像教程大纲本教程是对扩散MRI分析基础的介绍，从扩散张量的估计到纤维束的交互式3D可视化。教程数据集。
【3D Slicer】的小白入门使用指南三
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
11-13 1272
可复现性FAIR原则DICOM（医学数字成像和通信）是处理、存储、打印和传输医学影像数据的国际标准。临床成像设备（如CT扫描仪、MR扫描仪、X射线和超声设备）生成DICOM文件。医学数字成像和通信（DICOM）标准磁共振患者研究序列 序列 序列实例 实例 实例在DICOM数据模型中，一个DICOM研究由多个DICOM序列组成，每个DICOM序列包含DICOM实例。DICOM MRI影像数据一个MRI影像是一个由DICOM头文件和图像数据集组成的DICOM实例的例子。
静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)原理与数据分析学习笔记（1）：Resting-State fMRI
Sherlily的博客
07-19 7144
计算机与人工智能-脑科学与类脑智能-功能性磁共振成像（functional magnetic resonance imaging，fMRI）
3D Slicer：从入门到精通（二）——入门指南
walt3433的博客
02-24 2万+
本篇文章包含开始使用3D Slicer所需的信息，包括如何安装和快速开始使用基本功能，以及在哪里找到更多信息。
3D Slicer：从入门到精通（三）——用户界面概览
walt3433的博客
02-26 5225
Slicer将所有加载的数据存储在一个称为“场景”的数据仓库中（或称为Slicer场景或MRML场景）。场景中的每个数据集，如图像体积、表面模型或点集，都以“节点”的形式表示。 Slicer提供了大量的“模块”，每个模块实现了一组特定的功能，用于在场景中创建或操作数据。模块通常不直接相互作用：它们只是操作场景中的数据节点。Slicer包含超过100个内置模块，可以通过使用扩展管理器安装额外的模块。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值