本文介绍了如何使用R中的Bioconductor和affy包对Affymetrix基因芯片数据进行预处理、质量控制，并通过Significance Analysis of Microarrays (SAM) 方法寻找差异表达基因。通过对GEO数据集E-GEOD-470的分析，展示了从数据加载、预处理到差异表达分析的完整流程，并利用heatmap进行了可视化。
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ArrayExpress")
library(ArrayExpress)
AEset<-ArrayExpress("E-GEOD-470")%GEO中哮喘相关的基因表达谱数据（编号GSE470）
save(AEset,file="AEset.RData")
load("AEset.RData")
class(AEset)%三种查看方式
Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列三_SAM
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