Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列三_SAM

hellobear2012

于 2015-04-13 11:09:58 发布

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分类专栏：科研笔记文章标签：生物信息学基因芯片差异表达

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/hellobear2012/article/details/45023185

本文介绍了如何使用R中的Bioconductor和affy包对Affymetrix基因芯片数据进行预处理、质量控制，并通过Significance Analysis of Microarrays (SAM) 方法寻找差异表达基因。通过对GEO数据集E-GEOD-470的分析，展示了从数据加载、预处理到差异表达分析的完整流程，并利用heatmap进行了可视化。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("ArrayExpress")

library(ArrayExpress)

AEset<-ArrayExpress("E-GEOD-470")%GEO中哮喘相关的基因表达谱数据（编号GSE470）

save(AEset,file="AEset.RData")

load("AEset.RData")

class(AEset)%三种查看方式

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