GUET_DM_LQ的博客

需要将ID.csv的蛋白质从name_or.csv中找到，并补充name和organism信息，最后写入了seq_sim_all.csv中ID.csvname_or.csvseq_sim.all.csvimport csvf = open('seq_sim_all.csv', 'w', encoding = 'utf-8', newline='')csv_writer = csv.writer(f)csv_writer.writerow(['Database ID', 'Name', '

读取txt文件，将每一个簇按照ID互相组合，写入csv文件。这是为了记录每一个蛋白和哪些蛋白具有100%的相似性，是一个全排列的问题。import csvf = open('seq_sim.csv', 'w', encoding = 'utf-8',newline='') csv_writer = csv.writer(f)csv_writer.writerow(['100% Identity Protein ID', 'Database ID', 'Name', 'Organism'])wi

我们要使用ID建表，需要取出100%的ID，ID前为’_’，后为‘.’。ID即为图中1275和1655cd2.txtcd3.txtwith open('cd2.txt', 'r') as f: lines = f.readlines()with open('cd3.txt', 'w') as f_w: for i in range(len(lines) - 1): if(lines[i][0] == '>'): f_w.write(

进行数据整理时所写的脚本，使用CD-HIT去冗余，设置阈值为100%，将有多条的簇留下来。cd1.txt：从上图中找出找出100%的簇，放到cd2.txt中cd2.txtwith open('cd1.txt', 'r') as f: lines = f.readlines()#按行读取文件with open('cd2.txt', 'w') as f_w: for i in range(len(lines)): if(lines[i][0] == '0' and

【可以解决但是还是不太懂】使用pip安装Jupyter notebook之后，默认支持Python2，在其基础上安装基于python3的内核即可。安装完成之后，使用Python3的时候出现错误：ImportError: DLL load failed while importing error: 找不到指定的模块。并且服务器一直启动不起来，一直正在连接最后就崩了。查找教程有些说将路径添加到path里，但是我用conda装的，已经添加进去了，感觉也没什么问题，而且第一次成功使用了。最后发现使